Проходил по одному делу с Тобольским и Тюменским архиепископом Артемием (Ильинским) и большой группой духовенства. Обвинялся в том, что являлся «руководителем контрреволюционной повстанческой организации церковников». Не признал предъявленные обвинения. 23 августа 1937 г. приговорён Особой тройкой при УНКВД по Омской области к расстрелу. 30 августа того же года приговор был приведён в исполнение. И.А. Карабинов был одним из крупнейших литургистов своего времени. Он занимался проблемами раннехристианского богослужения, богословием евхаристии и таинств, историей византийской и древнерусской Триоди (и гимнографических сборников в целом), Типикона и лекционарной системы, вопросами церковной археологии. Автор двух монографий и нескольких программных статей и докладов. Монография «Евхаристическая молитва (анафора): Опыт историко-литургического анализа» (1908 г.) посвящена одной из ключевых проблем христианской литургики – причинам возникновения различных типов евхаристических молитв и установлению механизмов их дальнейшего развития, вплоть до классических образцов восточных анафор и западного канона мессы. На основании знаний раннехристианских источников и современной И.А. Карабинову научной литературы выдвинул ряд смелых предположений, предвосхищавших аналогичные идеи более поздних исследователей. Для своего времени эта работа И.А. Карабинова представляла собой безусловный научный прорыв. На Западе она была едва замечена, прежде всего, по причине незнания большинством западных специалистов, работавших в области раннехристианских литургических исследований, русского языка. В России исследования в этой области после 1917 г. прервались на долгие годы. В результате некоторые из гипотез, впервые выдвинутых И.А. Карабиновым, впоследствии были независимо разработаны другими учёными и связываются в историографии с их именами. В связи с тем что в XX в. было опубликовано много исследований в области раннехристианской евхаристической практики и происхождения анафоры, эта монография И.А. Карабинова утратила научную актуальность. О второй монографии, «Постная Триодь: Исторический обзор её плана, состава, редакций и славянских переводов» (1910 г.), исследователи сказать этого не могут. И.А. Карабинов реконструировал историю формирования системы памятей цикла Великого поста и подготовительных к нему недель, подробно описал как уже известные, так и впервые обнаруженные им самим при работе с рукописями сведения о гимнографах, создававших песнопения для Постной Триоди, и их произведения, а также подробно разбирал вопросы происхождения славянских переводов Триоди. Работа имеет приложение, которое представляет собой инципитарий множества песнопений Постной Триоди, сохранившихся в рукописях, но не вошедших в позднейшие печатные издания. В отличие от первой монографии И.А. Карабинова эта книга известна западным исследователям несколько лучше во многом благодаря диссертации Н. Каппёйнса (1935 г.), значительная часть которой представляет собой аккуратный конспект книги И.А. Карабинова.