В начале 1880 гг. храм Усекновения главы Иоанна Предтечи сочли небезопасным для совершения богослужений. Вопрос о разборке собора, признанного памятником русской шатровой архитектуры, стал предметом дискуссий научной общественности и горожан. В итоге была признана невозможность ремонта. В 1886 г. настоятель (1885–1909 гг.) игумен Ексакустодиан (Каменский), получив разрешение Синода, приступил к разборке старого и строительству нового собора. Игумен первым внёс 1 тыс. руб. на возведение нового храма и впоследствии, обращаясь к богатым жертвователям по всей России, сумел собрать большую сумму. Храм строился в 1886–1894 гг., на его возведение было затрачено 100 тыс. руб. Новый собор (архитекторы Пётр Михайлович Тюфилин и Лев Казимирович Хрщонович), построенный в русском стиле, был просторнее прежнего, но сохранил главные композиционные особенности предшествующего: растянутый в ширину четверик с тремя шатрами и тремя апсидами, более низкую обширную трапезную. 18 декабря 1894 г. архиепископ Казанский и Свяжский Владимир (Петров) освятил главный престол во имя св. Иоанна Предтечи, 24 ноября 1895 г. – придел во имя Иннокентия Иркутского, 1 декабря того же года – придел во имя Германа Казанского. В нижнем этаже церкви был устроен престол в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» и во имя семи Эфесских отроков. В 1895–1896 гг. в Казанском монастыре был построен и 14 декабря 1896 г. освящён двухэтажный настоятельский корпус. К 1764 г. во владениях Казанского монастыря числилось 90 крестьян. В 1764 г. монастырь был оставлен «за штатом», т.е. без государственного жалованья, основным источником существования обители стали пожертвования купцов, торговавших на Гостином дворе. Во второй половине XVIII – XIX вв. настоятелями Казанского монастыря часто назначались ректоры и префекты Казанской духовной семинарии, в том числе в 1801–1802 гг. Иакинф (Бичурин), в 1835–1844 гг. Даниил (Сивилов), в 1855–1863 гг. Иннокентий (Новгородов), в 1864–1871 гг. Варсонофий (Охотин; впоследствии епископ Симбирский). В 1883–1885 гг. настоятелем обители был архимандрит Антоний (Вадковский; впоследствии митрополит Санкт-Петербургский). Во второй половине XVIII – середине XIX вв. в Казанском монастыре проживало от трёх до пяти иеромонахов, один – два иеродиакона, несколько монахов и послушников (в начале XX в. количество послушников увеличилось до 20). В 1880 гг. в Казанском монастыре во время службы в штабе Казанского военного округа окормлялся Варсонофий (Плиханков; впоследствии старец оптинский). Главной святыней Казанского монастыря была частица мощей основателя Германа, перенесённая в обитель 23 декабря 1756 г. из Свияжского монастыря по благословению Казанского  архиепископа Гавриила (Кременцкого).