Максим дождался постановления о возвышении Константинопольской кафедры и узнал, что папа Римский Лев I Великий (440–461 гг.) противится всяким изменениям в канонических отношениях, утверждённых первым Вселенским собором. Он попытался завязать с ним письменные сношения, послав выписки из «послания ко Льву Кирилла Александрийского», но папа ответил, что в этих выписках не нуждается, т.к. в архиве у него есть подлинник. Впрочем, заметил, что если его заявления оправдываются историей, то он готов поддержать его. Таким образом, на Халкидонском соборе было завершено дело образования Иерусалимского патриархата. Как пишут исследователи, Ювеналий был стариком крепкого духа, а в эпоху епископов, влиятельных по характеру или по значимости их кафедры, не мог не налагать свой отпечаток на ход дела в целых областях. Он был одним из тех, кто редактировали халкидонское вероопределение и написали послание папе Льву. Он вступил в соглашение с Антиохийским патриархом Максимом, предоставив ему власть над всей Финикией и Аравией, после чего Собор признал Ювеналия Иерусалимским патриархом, стоящим во главе трёх палестинских провинций. Однако дружба с Диоскором не прошла для него даром: в его окружении нашлись люди, которые стали говорить, что Ювеналий продал веру за патриаршество. Перемена фронта в Халкидоне вовлекла его в непримиримую вражду с монофизитскими монахами Палестины, противопоставившими ему антипатриарха в лице монаха Феодосия (452–453 гг.), которого Ювеналий имел неосторожность взять с собой на Собор и который раньше жил у Диоскора. Прошедший огонь и воду, он из Халкидона бежал в Палестину и здесь ещё до прибытия Ювеналия призывал постоять за веру, разглашая всем о ереси патриарха. На сторону Феодосия встали многочисленные (около 10 тыс.) палестинские монахи и поставили его Иерусалимским патриархом (вдовствующая императрица Евдокия, благодетельница Палестины, отправившаяся после смерти мужа на поклонение святым местам, была также на его стороне). В Иерусалиме монофизиты разломали тюремные ворота и выпустили на защиту веры заключённых узников. Начался грабёж богатых дифизитов, и три Палестины на 18 месяцев стали ареной насилий и убийств. Ювеналий после своего возвращения не был принят, был вынужден покинуть Иерусалим и бежать в Константинополь. Военному начальнику Палестины было приказано изгнать Феодосия, который, как полагают, попался в руки правительства и умер или в сидонской тюрьме, или по дороге в Константинополь при императоре Льве I Маркелле (457–474 гг.). Ювеналий вернулся в Иерусалим, где созвал Собор епископов всех провинций Палестины для утверждения халкидонских определений, что доставило ему признание со стороны папы Римского Льва I. Пишут, что усмирение не обошлось без кровопролития. Убиенные были окружены в народе ореолом святости, а Ювеналию его противники не переставали вредить всеми способами. Рассказывают, что один монах Соломон, неся корзину, при встрече с Ювеналием сделал вид, что хочет подойти для принятия благословения. Когда Ювеналий наклонился для преподания благословения, этот Соломон осыпал патриарха с головы до ног находившемся в корзине сором и при этом сказал: «Вот как поступают с теми, которые за временное состояние продают веру». Монах был арестован, но Ювеналий отпустил его на свободу и даже предложил ему денежное пособие, от которого тот отказался из-за своего фанатизма. Умер он в 458 г.