Во второй половине 1990 гг. отмечался наибольший рост «истинно-православных» сообществ. В 1995 г. Министерством юстиции России зарегистрировано 75 таких групп, в 1996 г. – 98, в 1998 г. – 131 (максимальный показатель), в 2000 г. – 107 сообществ ИПЦ и ИПХ. В конце 1990 гг. на деструктивную деятельность отдельных сообществ ИПХ-ИПЦ в России стали обращать внимание органы власти. Деятельность таких организаций, в том числе «Межрегионального духовного управления ИПЦ» К.А. Васильева («архиепископа Лазаря»), впоследствии лишённого регистрации, обсуждалась в Государственной думе РФ. В официальном письме Министерства образования РФ от 12 июля 2000 г. «Информация о деятельности на территории России представителей нетрадиционных религиозных объединений» общины «Истинно православной церкви» были отнесены к категории тех религиозных групп, участников которых запрещалось привлекать к преподаванию в школах. В 2000 гг. в России регистрировали новые религиозные организации, причислявшие себя к ИПЦ. Наиболее многочисленной в Москве стала «Истинно православная церковь архангела Рафаила», группа сторонников Л.С. Прокопьева (Мотовилова), провозгласившего себя в 1998 г. «митрополитом Рафаилом» (так называемая ИПЦ Рафаила). В мае 2003 г. в Москве были зарегистрированы две централизованные организации под управление Л.С. Прокопьева: «ИПЦ в России» и «Священный синод ИПЦ». Кроме этих организаций сообщество Л.С. Прокопьева объединило также более десяти зарегистрированных местных структур, в том числе четыре женских монастыря (два в Московской области, по одному в Краснодарском крае и в Башкирии); сложились общины также на Украине и в Абхазии. Ряд общин Л.С. Прокопьева действуют не только как религиозные, но и как коммерческие организации, оккультные «центры народного целительства» и «центры флебологии». В декабре 2005 г. от «ИПЦ Рафаила» отделились сторонники «митрополита Арсения» (Киселёва, бывшего архимандрита РПЦЗ), которые создали свою структуру во Владимирской области. Из состава «ИПЦ Рафаила» вышла «Нижегородская епархия Российской ИПЦ» во главе с бывшим священником РПЦ Михаилом Петровичем Филипченко, объявившим себя «епископом Филиппом». Его организация имеет общины в Нижегородской, Самарской областях и в Чувашии, а с 2008 г. – в Брянской области, где появилось «Брянское подворье Нижегородской епархии ИПЦ» во главе с Г.В. Астапенко, назвавшим себя «епископом Феодосием». С 2000 г. в качестве зарегистрированной организации действует «ИПЦ Московской митрополичьей епархии», которую возглавил самозваный целитель В.С. Лисовой, бывший «священник» УАПЦ, объявивший себя «митрополитом Вячеславом» (ум. в 2011 г.). Серьёзный кризис пережили в первое десятилетие XXI в. структуры ИПЦ, находившиеся в канонической связи с РПЦЗ. После нестроений, возникших в 2001 г. в РПЦЗ в связи с уходом на покой предстоятеля митрополита Виталия (Устинова), от РПЦЗ отделилась большая часть общин Украины и России. Это движение возглавил бывший архиепископ РПЦЗ Одесский и Тамбовский Лазарь (Журбенко). В июле 2003 г. он провёл в Одессе архиерейское совещание, на котором объявил о создании «Архиерейского Синода Русской ИПЦ» (РИПЦ). После кончины архиепископа Лазаря в 2005 г., главой РИПЦ стал архиепископ Омский и Сибирский Тихон (Пасечник), а его заместителем – епископ Вениамин (Русаленко). Возглавляемые ими общины получили в России регистрацию, как «Русская ИПЦ Омско-Сибирской епархии». В подчинение данной организации в 2007 г. перешёл Леснинский женский монастырь во Франции. В 2007 г. получили регистрацию в России как «ИПЦ Одесской епархии» общины, возглавляемые епископом Агафангелом (Пашковским), который не признал Акта о каноническом общении РПЦ и РПЦЗ и отделился от РПЦЗ. В эту структуру в сентябре 2008 г. были приняты по упрощённому чину перерукоположения самосвятские «епископы» из группы секачёвцев – Афанасий Савицкий из Вологодской области и Иоанн Зайцев из Татарстана.