В середине 1990 гг. регистрацию в Москве получили ещё пять организаций, относящих себя к ИПЦ: «Богородичное благотворительное братство ИПЦ» (руководитель Э.Ф. Саркисов, объявивший себя «епископом Сергием»), «Соборная миссия св. Иоанна Иерусалимского» (руководитель Л.С. Прокопьев, назвавшийся «митрополитом Рафаилом»), братство «Святая Русь» (руководитель М.К. Митрофанов) и «ИПЦ откровения Иоанна Богослова» (или «ИПЦ апокалипсиса»; основана в 1993 г. вышедшим из группы «Лазаря Каширского» (К.А. Васильева) проповедником И.Я. Голошубовым, который считал себя «пророком Иоанном Богословом»). В 1994 г. одна из «истинно-православных» общин Москвы, основанная бывшим дьяконом Виктором Чекалиным, зарегистрировалась как централизованная организация «Российская православная кафолическая Церковь» (руководитель москвич М.Э. Анашкин, объявивший себя «митрополитом Михаилом»; заместитель руководителя А.В. Лобазов назвался «епископом Алексием»). Почти для всех перечисленных общин была характерна активная коммерческая деятельность, которую они вели под прикрытием религиозных организаций. В 1997 г. бывший глава московского представительства «Истинно православного братства Иова Почаевского» А.Ф. Михальченков-Зарнадзе, в прошлом иеромонах РПЦЗ Стефан (Линицкий), объявленный «управляющим Дмитровской епархией ИПЦ», и бывший инок РПЦЗ Иоанн (Модзалевский), «хиротонисанный» иерархами неканонической самосвятской УАПЦ во «епископы» и назначенный «управляющим Московской епархией ИПЦ», основали и зарегистрировали «Российскую ИПЦ» (вскоре Иоанн (Модзалевский) покинул ИПЦ и присоединился непосредственно к УАПЦ). До 1998 г. лидером «Российской ИПЦ» являлся проживавший в Москве и лишённый священного сана бывший епископ Грузинской православной церкви Амвросий (Катамадзе); впоследствии он вышел из организации и вернулся в Грузию, где был принят в общение ГПЦ после покаяния в чине монаха (ум. в 2008 г.). Из-за нарушения ряда законодательных норм «Российская ИПЦ» в конце 1999 г. по решению суда была снята с регистрации. Процесс регистрации организаций ИПЦ происходил в 1990 гг. и в других регионах. В 1995 г. в Кургане получила регистрацию «Сибирская митрополия ИПЦ» (руководитель В.А. Тищенков объявил себя «епископом Варухом»). В следующем году «митрополия» была принята в состав раскольнической «Украинской Православной Церкви Киевского Патриархата», где В.А. Тищенков получил звание «архиепископа Тобольского и Енисейского» и впоследствии перерегистрировал свою структуру под названием «Ассоциация приходов ИПЦ Сибирской митрополии Киевского Патриархата» (в марте 2011 г. «архиепископ» В.А. Тищенков был исключён из состава УПЦ КП). В 1996 г. в управлении юстиции Архангельской области была зарегистрирована централизованная организация «ИПЦ богородичной ветви» («Община Истинно православной катакомбной Церкви (Богородичная ветвь)»). Впоследствии выяснилось, что эта организация была подразделением, связанным по происхождению с тоталитарной сектой «Богородичный центр», что не было отражено в статуте при регистрации. В 1998 г. организацию сняли с регистрации. В 1996 г. в Красноярске зарегистрировали «Общину архангела Рафаила». В 1998 г. Министерством юстиции Республики Татарстан зарегистрирована «Казанская митрополия ИПЦ» (руководитель «епископ» А. Миронов, бывший духовник Смолдияровского Казанско-Богородичного женского монастыря РПЦЗ в Лаишевском районе Татарстана). С 1997 г. группы «истинно православного» толка стали регистрироваться также под названием ИПХ. В частности, в 1997 г. в Ставропольском крае получила регистрацию «Пятигорская община архангела Михаила ИПХ и ИПЦ» (город Пятигорск Ставропольского края), основанная бывшим клириком РПЦ, руководившим греческой общиной Пятигорска, самосвятским «епископом» Кириаком Тимерциди.