Вероятно, в монастыре Иоанн Талайя стал известен патриарху и впоследствии стал одним из его приближённых. Имя Иоанна Талайи впервые появляется в источниках в 481 г.: он – иеромонах в составе клира церкви Иоанна Крестителя в Александрии и великий эконом Александрийского патриархата. Должность эконома он мог занять ещё в 477 г., когда патриарх Тимофей III Салофакиол вернулся на патриарший престол по распоряжению византийского императора Зинона. Исследователям известно, что в качестве эконома Иоанн Талайя принимал у себя византийского придворного силенциария Анастасия (впоследствии император Анастасий I Дикор; 491–518 гг.), потерпевшего кораблекрушение в 476/477 г. Патриарх Тимофей III Салофакиол пытался вернуть в диптихи Александрийской церкви имя Диоскора (444–451 гг.). Впоследствии Иоанна I Талайю упрекали в том, что именно он убедил патриарха сделать это. Однако в послании папы Симплиция Константинопольскому патриарху Акакию (октябрь 478 г.), в котором папа упрекает патриарха за эту ошибку, о роли эконома упоминания нет. Несмотря на официальное признание Тимофея III Салофакиола, монофизитская партия в Александрии надеялась вернуть на патриарший престол Петра III Монга (477, 482–489 гг.), который был избран одновременно с Тимофеем III Салофакиолом, но не признан императором. В 481 г. монофизиты направили делегацию в Константинополь и просили императора Зинона, чтобы после смерти Тимофея II Элура на его место не избирался бы другой епископ, а кафедра перешла бы к Петру III Монгу, уже избранному и поставленному в патриархи. Православные александрийцы направили ко двору свою делегацию, которую возглавили Иоанн Талайя и епископ Геннадий Гермопольский, чтобы не допустить соглашения о занятии престола Петром Монгом. Захария Ритор сообщает, что в Константинополе Иоанн Талайя пообещал магистру Иллу передать сокровища, подаренные Александрийской церкви императором Аркадием (395–408 гг.), если тот окажет поддержку Иоанне Талайе, чтобы стать преемником патриарха Тимофея. Илл согласился, но посоветовал держать план в тайне. Во время приёма делегации император Зинон говорил о том, что Иоанн Талайя мог бы стать достойным преемником патриарха Тимофея, но Иоанн Талайя заверил, что не займёт кафедру, т.к. недостоин этого. После совещаний 481 г. император Зинон издал сакры к александрийцам и к патриарху Тимофею, в которых сообщил, что удовлетворил требования православных и дал им право после смерти патриарха Тимофея избрать ему преемника из своей среды. По заверению Захарии Ритора, Иоанн Талайя вернулся в Александрию, заручившись рекомендательными письмами от Илла к эпарху Египта Феогносту, от имени которого он построил церковь в Александрии. Напротив, Либерат сообщает о многих дарах, привезённых Иоанном Талайёй из Константинополя, в том числе для патриарха. Геннадий Гермопольский был удержан Константинопольским патриархом Акакием в столице, видимо, в качестве апокрисиария Александрийской церкви. Патриарх Тимофей III Салофакиол скончался в начале 482 г., вскоре после возвращения делегации. Иоанн Талайя был избран его преемником православным клиром и епископатом. Монофизиты не были допущены на выборы патриарха и не признали Иоанну Талайю. Уже весной 482 г. начались провокации против Иоанна Талайи со стороны архимандритов и монахов из партии монофизита Петра III Монга. Иоанна Талайю обвиняли в подкупе эпарха Феогноста. Феодор Чтец пишет об обвинениях Иоанна Талайи в том, что он занял кафедру без согласия Зинона (Иоанн Талайя действительно задержался с извещением Зинона и Акакия о своем восшествии на престол). Либерат сообщает, что Иоанн Талайя сначала хотел известить обо всем Илла и через него намеревался связаться с Акакием и Зиноном. Однако посланный в Константинополь курьер не нашёл Илла в столице, т.к. тот отбыл в Антиохию. Следуя данному ему предписанию прежде повидаться с Иллом, курьер направился вслед за ним.