Под влиянием Святого Духа эти первопричины дают начало миру отдельных вещей, материальность которого призрачна. Когда говорят, что Бог сотворил вещи из «ничего», то под этим «ничто» надо понимать самого Бога – в том смысле, в котором Он трансцендентен для всякого познания. Процесс творения вечен: субстанцией всех конечных вещей является Бог. Творение не является вещью, отличной от Бога. Творение существует в Боге, а Бог являет Себя в творении невыразимым образом. «Святая Троица любит Себя в нас и в Себе; она видит и приводит в движение сама Себя. Источником греха является свобода: грех возникает оттого, что человек, вместо того чтобы обращаться к Богу, обратился к самому себе. Зло не имеет своего основания в Боге, ибо в Боге нет никакой идеи зла. Зло принадлежит к области небытия и не имеет основания, ибо если бы оно имело основание, то было бы необходимо. Зло – это отсутствие добра. Логос – это принцип, возвращающий многое к единому, а человека к Богу; это, таким образом, – спаситель мира. Соединяясь с Богом, та часть человека, которая осуществляет соединение, становится Божественной. Из данного краткого изложения ясно предстаёт неортодоксальность взглядов Иоанна Скота. Его пантеизм, отвергающий субстанциальную реальность творений, имеющую основание в самих себе, противоречит христианскому учению. Ни один благоразумный теолог не мог бы принять также и толкования процесса творения из «ничего», которое дал Иоанн Скот. В его понятии троичности, обнаруживающем большое сходство с понятием Плотина, три ипостаси оказываются неравными, хотя Иоанн Скот и тщится оградить себя по этому вопросу от критики. Еретическим является, конечно, и взгляд Иоанна Скота на творение как на процесс, не имеющий начала во времени, взгляд, вынуждающий его утверждать, что история творения, рассказанная в «Книге бытия», является иносказанием. Рай и грехопадение человека нельзя понимать в буквальном смысле. Подобно всем пантеистам, Иоанн Скот сталкивается с трудностями в вопросе о грехе. Он утверждает, что первоначально человек не знал греха, и когда он не знал греха, не было и разделения полов. Это, конечно, противоречит тексту: «Мужчину и женщину сотворил их». По мнению Иоанна Скота, грех был единственной причиной разделения человеческих существ на мужчин и женщин. Женщина воплощает чувственную и падшую природу человека. В конце концов, различие полов снова исчезнет, и мы будем иметь чисто духовые тела. Грех заключается в злонамеренности воли, в ложном приписывании добра тому, что им не является. Грех наказывается естественным путём; это наказание заключается в разоблачении суетности греховных вожделений. Однако наказание греха не вечно. Как и Ориген, Иоанн Скот утверждает, что, в конце концов, даже дьяволы будут спасены, хотя и позднее, чем другие люди. Перевод псевдо-Дионисия, выполненный Иоанном Скотом, оказал большое влияние на развитие средневековой мысли; напротив, его собственный труд «О разделении природы» оказал весьма незначительное влияние. Это сочинение неоднократно предавалось осуждению как еретическое, и, в конце концов, в 1225 г. папа Римский Гонорий III приказал сжечь все его экземпляры. К счастью, приказ этот не был выполнен с должным тщанием.