По лицу и по одежде охотник узнал в почившем блаженного Иону, потому что тот всегда ходил в рубашке с ремнём, в камилавке, с чётками в руках и босой. С печальным известием охотник поспешил в монастырь. Братия взяли тело юродивого, принесли его в обитель и предали обычному христианскому погребению у южной стены Никольского собора. Случилось это в 1737 г. Уже вскоре после погребения Ионы у его могилы совершалось немало чудес, и в день его памяти – 28 июня нового стиля (15 июня старого стиля) в обитель приходило много богомольцев, ожидавших помощи. Поэтому на месте могилы установили высокий камень и обнесли решёткой, а на стене напротив – нарисовали маслом портрет юродивого, высотой около двух метров, на котором блаженный изображён в рубахе, опоясанной ремнём, босым и с чётками в руках. Однако во время посещения обители в 1785 г. епископ Переславский и Дмитровский Феофилакт приказал всё, кроме портрета, уничтожить (камень закопали вровень с землёй). В 1806 г., при постройке новой паперти вокруг собора, увидели его деревянный гроб, и архимандрит Макарий приказал, не трогая гроб, сделать над ним арку и возвести стену. Затем над могилой положили белый камень вровень с полом. В 1847 г. в память о блаженном Ионе тиражом в несколько тысяч экземпляров было напечатано его изображение, ранее нарисованное на стене храма и скопированное иеромонахом Иеронимом. В 1877 г., в лесу, на месте подвигов блаженного Ионы, была устроена часовня. После своей смерти блаженный Иона многим являлся во сне, иногда даже с повелением отслужить панихиду на его могиле. Верующие (даже издалека) приходили в обитель, служили панихиды и по вере получали просимое. Как отмечается в «Историческом описании…» 1866 г., особенно много знамений милости Божьей при его гробе источалось над страждущими младенцами. Иеромонах Иероним среди чудес юродивого Ионы приводит следующие. Тульская помещица в 1847 г., проезжая на богомолье в Троице-Сергиеву лавру, во сне увидела явившегося ей Иону. Он посылал её в Пешношскую обитель с указанием отслужить о нём панихиду, что она и исполнила. Некогда он ещё явился больной московской купчихе, приказал ей съездить в обитель, отслужить панихиду и обещал здравие. Одному крестьянину Татьяны Дмитриевны Пестриковой, через явление с преподобным Мефодием, юродивый Иона исцелил растущий на спине горб. В 1852 г. 23 августа приходили в обитель больной мужчина с женщиной и служили Ионе большую панихиду. Объясняли, что им сам Иона явился и послал при гробе отпеть панихиду. Крестьянка деревни Бестужевой три года была больна и, когда обещалась юродивому Ионе три большие панихиды отслужить, отслужила и выздоровела. Потом приходила в обитель и рассказывала об этом 30 сентября 1847 г. А около 1865 г. у крестьянки деревни Покрова у дочери-младенца была наклонена к плечам голова. Слыша об исцелениях юродивого Ионы, крестьянка начала его с верою просить исцелить дочь. И вскоре получила желаемое. Обе потом приходили в обитель, служить у гроба Ионы панихиду, рассказывая об исцелении. Блаженный Иона пока не причислен к лику святых, поскольку революция 1917 г. и последующие печальные события помешали канонизации праведника. Иеромонах Иероним (Суханов), заканчивая в своей летописи главу о юродивом Ионе, написал: «Монах Иона был не аристократ, не бюрократ, не учёный и не чиновный. Он был простой и презренный, путём узким и прискорбным шествующий. Но велик был пред Богом, который и по смерти его славит, и многие ныне притекают на его могилу и с усердием и благоговением молятся и служат панихиды об упокоении души праведного».