Поскольку Иоахим Флорский не был богословом-схоластом, после него не осталось богословской школы, однако его основные сочинения получили широкое распространение по всей Европе, главным образом, благодаря тому, что в них содержались ответы на беспокоившие многих эсхатологические вопросы. Иоахим Флорский оставил после себя значительное число книг и множество монахов своего Ордена, которые переписывали и распространяли его произведения, поэтому популярность его взглядов на протяжении нескольких десятилетий после его смерти была чрезвычайно высокой. Вместе с тем, как при жизни Иоахима Флорского, так и после его смерти мноиге его эсхатологические идеи вызывали неприятие и у богословов-схоластов, которым они казались «невежеством», и у церковного руководства, которое видело в них источник зарождения различных ересей. Однако благосклонное отношение к Иоахиму Флорскому Римских пап и светских правителей служило надежной защитой его сочинений. Нежелание церковной администрации осуждать Иоахима Флорского и упразднять созданный им флорский монашеский Орден отражено во втором постановлении четвёртого Латеранского собора. Безоговорочно осудив нападки Иоахима Флорского на Петра Ломбардского, папа Иннокентий III от лица Собора специально отметил: «Вместе с тем мы не хотим нанести никакого ущерба Флорскому монастырю, основателем которого был Иоахим..., потому прежде всего, что сам Иоахим заповедал, чтобы все его сочинения были переданы нам, дабы они были одобрены или исправлены согласно суждению апостольского престола. Он продиктовал и подписал собственной рукой письмо, в котором твёрдо исповедал, что придерживается той веры, которой придерживается Римская Церковь». Из постановления Собора следует, что, опираясь на «Завещание» Иоахима Флорского, папа Иннокентий III осудил лишь его учение о Святой Троице настолько, насколько оно противоречило учению Петра Ломбардского, однако однозначно заявил, что сам Иоахим Флорский не должен считаться еретиком. Папа Иннокентий III был знаком с сочинениями Иоахима Флорского и даже использовал некоторые иоахимовские идеи и образы в собственных произведениях. Исследователи полагают, что пророческие идеи Иоахима Флорского не считались в это время чем-то неортодоксальным и потому не были осуждены вместе с его триадологией. Осуждение триадологии Иоахима Флорского на Латеранском соборе было не столько направлено против него самого, сколько стало знаком папской поддержки учения Петра Ломбардского и философско-схоластической теологии в целом. То, что в этот период Римские папы не рассматривали Иоахима Флорского как еретика, подтверждают два послания папы Гонория III (1216–1227 гг.). В первом послании, направленном 2 декабря 1216 г. епископу города Лукка, в диоцезе которого был один из монастырей флорского Ордена, папа сообщает, что до него дошли слухи о том, будто этот епископ преследует аббата и монахов монастыря как еретиков. Цитируя практически дословно заключительную часть постановления Латеранского собора, папа отмечает, что на Соборе была осуждена лишь книга Иоахима Флорского, а не он сам или его Орден, поэтому все преследования должны быть немедленно прекращены.