С 1948 г. – настоятель кафедрального алма-атинского собора во имя Николая Чудотворца, член епархиального совета и секретарь епархиального управления. Был ближайшим сподвижником и верным помощником архиепископа Николая (Могилёвского). Имел много духовных детей, почитавших его как подвижника благочестия. Совмещал явное и негласное церковное служение, организовал несколько групп монашествующих («монастырьки»), совершал монашеские постриги. В конце 1957 г. решением патриарха Алексия I был переведён в Троице-Сергиеву лавру, возможно, для преподавательской деятельности в Московской духовной академии. У исследователей есть сведения, что рассматривалась возможность возведения Исаакия в сан архиерея, однако советские власти были настроены резко против его кандидатуры. Исаакию было отказано в предоставлении прописки. Он был назначен настоятелем собора в честь Вознесения Господня в городе Ельце Липецкой области и благочинным храмов Елецкого округа. Прибыл в Елец в апреле 1958 г. и служил там в течение последующих 23 лет. Руководил ремонтом и обустройством собора, в зимнем храме было проведено отопление, была построена звонница. Исаакий сделал всё необходимое для сохранения храма во время антицерковной кампании в начале 1960 гг. За нарушение указаний светских властей, стремившихся к сокращению совершения треб, в 1961 г. был на три месяца отстранён от настоятельства. Возобновил в Ельце древние церковные традиции. После многолетнего забвения на праздник Вознесения Господня служились панихиды у полуподземной часовни близ Вознесенского собора, где, по преданию, были похоронены защитники города от полчищ Тамерлана, павшие в 1395 г. Имел дар нести старческое служение. Исаакий был известен как пастырь высокой духовной жизни, усердный молитвенник, мудрый наставник веры и яркий проповедник. Составлял тропари и молитвы, сочинял духовные стихи. Впоследствии его проповеди и духовные произведения были опубликованы. Будучи в Ельце, сохранял связь с Алма-Атинской епархией. Переписывался с Алма-Атинским и Казахстанским митрополитом Иосифом (Черновым), которому Исаакий прислал в подарок белую митру. Исаакий был награждён Патриаршим посохом, правом служения Божественной литургии при открытых царских вратах, ношения трёх крестов, орденами князя Владимира третьей и второй степени. В рождественские дни 1981 г., узнав об ухудшении здоровья Исаакия, в Елец прибыл Воронежский и Липецкий епископ Ювеналий (Тарасов; ныне схимитрополит), который напутствовал умирающего, а потом отпел его. На похоронах присутствовал и сказал прощальную речь приехавший в Елец архимандрит Евсевий (Саввин; ныне митрополит). Проводить Исаакия в последний путь собралось большое количество верующих, они заполнили не только храм, но и соборную площадь. Исаакий был похоронен на городском кладбище Ельца. Его могила почитается местными жителями и паломниками.