15 февраля 1933 г. возведён митрополитом Евлогием (Георгиевским) в сан игумена, 14 января 1936 г. – в сан архимандрита. В том же году стал настоятелем новопостроенного храма в честь Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище Праги. Во время Второй мировой войны призывал паству к сбору пожертвований для русского населения, скрывал от оккупационных властей еврейские семьи, помогал бежавшим военнопленным. В январе 1944 г. избран главным священником РОВС. После вступления в мае 1945 г. в Прагу советских войск отслужил вместе с епископом Сергием (Королёвым) благодарственный молебен. Отказался выехать в англо-американскую оккупационную зону. Был арестован в Праге органами контрразведки СМЕРШ и 24 мая вывезен в СССР и заключён в тюрьму НКВД №4 во Львове. Исаакий был обвинён в том, что, «проходя службу в армии Деникина и Врангеля, принимал непосредственное участие в боях с Красной Армией. Состоял членом «Галлиполийского землячества», а затем РОВС. За заслуги перед русской эмиграцией был назначен главным священником РОВС, читал лекции на Высших военных курсах. На протяжении 24 лет систематически проводил среди эмигрантов и народов Европы активную контрреволюционную деятельность, направленную на свержение Советской власти». На допросах не скрывал, что говорил в проповедях о гонении на церковь в СССР: «Советское правительство без всяких оснований закрывает церкви... Десятки епископов и сотни священников расстреляны без следствия и суда, а тысячи сосланы на Соловки и подвергаются невиданным издевательствам». Однако заявил, что со времени войны и изменения в СССР отношения к церкви он больше не является противником советской власти. Постановлением военного трибунала Львовского военного округа от 27–30 июля 1945 г. за «активную контрреволюционную деятельность» приговорён к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. С сентября 1945 г. отбывал срок заключения в Карагандинском исправительно-трудовом лагере в отделении на станции Карабас и в селе Долинском (Долинка). В лагере голодал, работал копальщиком могил для умерших заключённых, каждый раз при погребении мысленно служил литию об упокоении их душ. После обращений патриарха Алексия I и епископа Сергия (Королёва) о помиловании Военная коллегия Верховного суда СССР определением от 5 февраля 1946 г. отменила приговор в отношении Исаакия, поскольку он «во время Великой Отечественной войны не оказывал помощи немецко-фашистским захватчикам, а его прошлая враждебная деятельность против СССР перестала представлять опасность». 3 мая того же года Исаакий был освобождён из лагеря, но ему запрещался выезд за пределы Казахстана. Жил в Актюбинске под надзором властей, служил в местной церкви пономарём, затем священником. После встречи с посетившим Актюбинск Алма-Атинским архиепископом Николаем (Могилёвским; впоследствии митрополит) в 1947 г. Исаакий был переведён в Алма-Ату и назначен настоятелем храма в честь Казанской иконы Божьей Матери.