Потребовались особые дипломатические усилия, чтобы разрушить их союз и привлечь часть властителей Тигре на сторону Иоанна I. Начатый им 4 ноября 1677 г. поход против Ласты не принёс результатов. Тогда вооружённую борьбу было решено дополнить идеологической: в Лазабшехе, за рекой Тэкэзе на территории Ласты, был спешно созван церковный Собор, который без достаточных оснований объявил еретиками и вероотступниками местных мятежников, являвшихся сторонниками доктрины помазания. С канонической точки зрения легитимность Собора была сомнительной, т.к. среди его участников военачальников было больше, чем иереев, но в декабре 1677 г. он вновь собрался в том же составе в Аринго и Йебабе. 17 апреля 1678 г. в доме митрополита в Гондаре Иоанн I созвал более представительный Собор, однако не пригласил глав противоборствующих богословских партий. Тогда лидер «помазанников» слепой За-Иясус призвал своих сторонников покинуть Собор, чем фактически сорвал его проведение. В октябре 1678 г. в том же месте заседал новый Собор, подтвердивший решения Собора 1668 г. об обособленном проживании мусульман и фалашей, о запрете ростовщического процента и о размежевании церковных и царских земель. На Соборе противники Иоанна I попытались обвинить царя в том, что его брак с Сабла Вангель противоречит церковным канонам, т.к. она была дочерью мужа сестры его отца от предыдущего брака, т.е. с формально-юридической точки зрения могла рассматриваться как его двоюродная сестра, однако сторонники Иоанна I подтвердили, что патриарх Матфей IV признал законность этого брака. 19 декабря 1679 г. Иоанн I начал новое вторжение в Ласту. 16 января 1680 г. одержал крупную победу над повстанцами на равнине Гош-Маугия, но это не привело к прекращению мятежа. В военных походах Иоанн I стал использовать отряды галласов (оромо), положив начало их постепенной христианизации. 17 октября 1681 г. по жалобе конгрегации монастыря Дэбрэ-Либанос Иоанн I созвал в Аринго очередной Собор, в ходе которого прения вели родные братья авва Николай и авва Акала Крэстос. Выступив от имени сторонников соединения, Николай провозгласил тезис о том, что «прославилась плоть соединением» во время соединения Слова с плотью во чреве Богоматери; его оппонент указал, что плоть прославилась, «когда была помазана Духом Святым и стала Сыном по природе». Иоанн I принял точку зрения Николая и покарал его противников: Акала Крэстос и его единомышленники, присутствовавшие на Соборе, были отлучены от церкви, а все «помазанники» были изгнаны из своих монастырей. Так возникло дело о «годжамских изгнанниках», которое пришлось решать наследнику Иоанна I третьему гондарскому царю Иясу I Великому (1682–1707 гг.). Иоанн I скончался после непродолжительной болезни в новом царском дворце Цада (Цадда), только что возведённом в Гондаре. В декабре 1683 г. Иясу I, следуя завещанию отца, перенёс его прах на остров Мэцраха на озере Тана, где были погребены его мать и некоторые дети. Там образовалась фамильная усыпальница так называемой гондарской династии. Официальная хроника Иоанна I осталась незавершённой: события последних месяцев его царствования и его кончина в ней не отражены. Эфиопская церковь канонизировала Иоанн I в лике праведных: в заслугу ему были поставлены изгнание «франков», распространение христианства среди племён агау, а также борьба с теми, кто приписывали Иисусу Христу два естества. О каких именно дифизитах здесь идёт речь, для исследователей остаётся неясным; исследователи полагают, что сторонники доктрины соединения называли так своих противников. Сохранилось синаксарное Житие Иоанна I, которое детально проанализировал Борис Александрович Тураев.