Согласно Летописцу Переяславля Суздальского, передающему летописание князя Ярослава Всеволодовича, союзника книзя Георгия, сразу после кончины великого кня Всеволода Иоанн был изгнан с кафедры: «Того же лета володимирцы с князем своим Георгием изгнаша Иоанна из епископства, зане неправо творяше» («Полное собрание русских летописей», том 41). Согласно ряду летописных сводов XV–XVI вв., в конце 1214 г. Иоанн оставил кафедру и ушёл в суздальский монастырь Космы и Дамиана, где принял схиму («Полное собрание русских летописей», том 8, том 24, том 25, том 30). С данными событиями связаны разделение Ростовской епархии и учреждение второй епископской кафедры в Северо-Восточной Руси – Суздальско-Владимирской (см. Владимирская и Суздальская епархия). 10 ноября 1214 г. во епископа Ростовского был хиротонисан Пахомий, духовник князя Константина Всеволодовича. В 1214/1215 г. по инициативе князя Георгия Всеволодовича епископом Суздальским и Владимирским был поставлен игум владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Симон. Имя Иоанна было внесено в синодик ростовского Успенского собора, составленный во второй четверти XV в. (Российская национальная библиотека, 1480 гг.), названо в перечнях Ростовских архиереев в летописях XV–XVI вв., где он указан 14-м епископом (см., например: «Полное собрание русских летописей», том 4. часть 1, том 18, том 42). Фактически (вследствие легендарности ряда Ростовских владык раннего периода), Иоанн был восьмым Ростовским епископом. В ряде рукописных месяцесловов Иоанн указан как местночтимый святой с памятью 17 января. Икона Ростовских чудотворцев с вероятным изображением Иоанна находилась в конце XIX в. в Вознесенской церкви Ростова. Канонизацией Иоанна исследователи считают включение его имени в Собор Владимирских святых, празднование которому было установлено в 1982 г. Исследователи полагают, что Иоанн является автором «Поучения в неделю цветную священноепископа Иоанна Ростовского к правоверным крестьяном», обнаруженного Иваном Афанасьевичем Бычковым в Прологе Российской национальной библиотеки. Автор «Поучения...» «смиреный епископ Иоанн» в праздник Входа Господня в Иерусалим обращается «ко всем христолюбивым людем, живущем во области Пресвятыя Богородица Ростовскыя епископья» с призывом к покаянию. Заканчивается «Поучение...» молитвенным призыванием Леонтия Ростовского. Впрочем, исследователи не исключают, что автором «Поучения...» был епскоп Иоанн, занимавший Ростовскую кафедру в 1346–1356 гг. Согласно Михаилу Дмитриевичу Присёлкову, в 1193 г. при владимирском Успенском соборе был создан летописный свод, в котором использованы владимирский свод 1177 г. и материалы южнорусского летописания (свод отразился в Лаврентьевской летописи). Исследователи полагают, что именно Иоанну принадлежит завершающее свод поучение, читающееся после известия о пожаре 1193 г. во Владимире. Следующий владимирский летописный свод, также составленный в епископство Иоанна, по мнению М.Д. Присёлкова, относится к 1212 г., он передан в Радзивиловской летописи и в Летописце Переяславля Суздальского. М.Д. Присёлков обратил внимание, что в своде 1212 г. опущены два сообщения об обновлении Иоанном церквей в 1194 г. во Владимире и в Суздале, сопровождавшиеся похвалой епископу. По мнению историка, этот факт свидетельствует о начале конфликта между князем Георгием Всеволодовичем и Иоанном, который закончился смещением Иоанна с кафедры. В свод 1212 г. не вошло также поучение Иоанна 1193 г.