По некоторым данным, Иосиф вместе с Крестецким епископом Серафимом (Велицким) участвовал 3 сентября 1922 г. в обновленческой «хиротонии» протоиерея Александра Лебедева во «епископа Новгородского». Однако затем Иосиф вслед за епископом Серафимом вышел из подчинения ВЦУ. 24 декабря 1922 г. собрание клириков и мирян Валдайского уезда отказалось признавать каноничность ВЦУ и выразило полную поддержку Иосифу, «который имеет право управлять на правах самостоятельного епископа». Иосиф заявил, что «согласился заведовать духовными делами уезда только до созыва епархиального съезда духовенства и мирян» (власти тогда разрешали проводить лишь уездные собрания). В каноническое общение с Иосифом перешёл Полновский Успенский женский монастырь Демьянского уезда. Иосиф не подчинился вызову ВЦУ в Москву для объяснений «по вопросу об автокефалии в его викариатстве». После освобождения в 1923 г. из заключения патриарха Тихона Иосиф немедленно восстановил связь с каноническими властями. В докладе патриарху о положении дел в Новгородской епархии в мае 1924 г. сообщалось: «Преосвященный Иосиф, епископ Валдайский – дела обстоят на редкость хорошо. Там в уезде вообще не было обновленцев, кроме протоиерея Зимнева, очень скоро устрашённого народным гневом и теперь ничем себя не проявляющего» (Российский государственный исторический архив). До 1926 г. в Валдайский Иверский монастырь Иосиф принимал послушников. В 1927 г. Иверская трудовая артель, в которой насчитывалось около 70 человек во главе с иеромонахом Никитой (Марковым), была обследована Наркомземом и Рабоче-крестьянской инспекцией. После проверки артели было отказано в перерегистрации устава. Попытка обжаловать это решение во ВЦИК не дала результата. 8 апреля 1928 г. в «Ленинградской правде» был помещён фельетон «Житие отца Никиты». По словам фельетониста, в трудовой артели монахов и мирян «чудотворная икона по доходности занимает, поди, первое место». После закрытия монастырской артели Иосиф был выслан в Рыбинск, где рукоположил во диакона монаха Осию (Михайлова, в схиме Онисифор). Позднее Иосиф вернулся в Валдайский Иверский монастырь, где у братии сохранялась часть помещений, а храмы действовали как приходские. В марте 1930 г. произошла окончательная ликвидация монастыря с закрытием всех храмов. Иосиф вместе с послушником Иваном Яковлевым (впоследствии иерей) переселился в город Валдай (Архив Санкт-Петербургской епархии), жил в доме инженера Павла Филадельфовича Вахрушева, по праздникам служил в Троицком соборе и в храме Короцкого во имя Тихона Задонского женского монастыря. Иосиф был похоронен на городском кладбище Валдая, могила находилась рядом с кладбищенскими церквами во имя святых Иоакима и Анны (ныне не существует) и Петра и Павла.