При школе братства монастырь содержал приют. Иосиф был награждён орденом св. Анны третьей (1904 г.) и второй (1913 г.) степени. В 1917 г. за пожертвования и заботу о церковноприходской школе удостоен благословения Святейшего Синода. 15 июля 1918 г. в монастырь прибыл отряд для изъятия хлебных запасов, что вызвало возмущение в окрестных приходах. Население вооружилось и собралось у монастыря, однако Иосиф сумел успокоить толпу, хотя сам получил ранение. Умело использовал советские законы для сохранения Иверского монастыря. В 1918 г. в монастыре было 39 человек братии, 12 указных послушников и девять проживавших на испытании; в братии в это время состоял член поместного Собора Православной Российской церкви 1917–1918 гг. Иван Никанорович Сперанский, постриженный Иосифом 9 марта 1919 г. в монашество (Иоанникий (Сперанский); впоследствии епископ). В 1919 г. монашеская община была официально зарегистрирована как Иверская трудовая артель, её членам, монашествующим и мирянам, передавалось 5 га монастырской усадьбы и около 200 га угодий. Одновременно для сохранения художественных сокровищ обители был организован «Никоновский музей». В 1920 г. был выпущен каталог его коллекции. 22 февраля 1921 г. постановлением коллегии Петроградского областного отдела по делам музеев и охраны памятников искусства и старины здания монастыря «со всем находящимся в нём церковным имуществом признаны имеющими исключительно исторически-бытовое и художественное значение». В 1921 г. состоялась хиротония Иосифа во епископа Валдайского, он стал викарием Новгородской епархии, оставаясь при этом настоятелем Валдайского Иверского монастыря. В марте 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, Иосиф обратился с воззванием к пастве и призвал жертвовать на помощь голодающим «с радостью и любовью», но лишь «предметы неосвящённые и не имеющие богослужебного употребления», предостерегая, что «Патриарх не допускает пожертвования священных сосудов». Воззвание Иосифа было напечатано в губернской газете. Монастырский музей получил охранную грамоту на изделия «Никоновской эпохи», комиссией по изъятию церковных ценностей были конфискованы лишь предметы позднейшего происхождения общим весом 1 пуд 4 фунта (17,6 кг) серебра. По распоряжению Иосифа в храмах произносились проповеди на тему помощи голодающим в Поволжье. После привлечения патриарха Тихона к судебной ответственности и захвата в мае 1922 г. руководства церковью обновленцами Иосиф сначала признал обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ).