В 1737 г. в Москве на собственные сбережения Иосифа была также основана грузинская типография; здесь на грузинском языке были изданы Псалтирь (22 декабря 1737 г.), Триодь (1738 г.), Евангелие (1739 г.) и Октоих. По некоторым данным, эта типография действовала сначала в Новгороде, а с 1740 г. – в Москве. В марте 1740 г. Иосиф писал в Святейший Синод о значительном снижении числа насельников в Юрьевом монастыре, где раньше «обреталось» 45 насельников (два казначея, семь иеромонахов, клирошане, пономари и «служебные рядовые»), а на текущий момент – лишь 12 (два престарелых иеромонаха, два иеродиакона и восемь монахов). Иосиф просил разрешения «брать в монастырь для пострига» вдовых священников, дьяконов и отставных служилых людей «или же дать готовых, кого и откуда будет угодно Святейшему Синоду». 3 октября 1740 г. был подписан указ о переводе Иосифа на местожительство в московский в честь иконы Божьей Матери «Знамение» мужской монастырь с жалованьем 500 руб. в год и с содержанием от монастыря. Передав дела по управлению Новгородской епархией архиепископу Амвросию, Иосиф 9 октября отбыл в Москву. 2 января 1741 г. указом за подписью императрицы Анны Иоанновны его жалованье было увеличено до 1 тыс. руб. в год; 7 января было разрешено «иметь при себе певчих» (возможно, грузинских – в то время в Знаменском монастыре окормлялась достаточно обширная грузинская община); 9 января Иосиф был назначен архимандритом (настоятелем) монастыря (исследователям известно, что документы по управлению обителью он подписывал по-грузински). 7 сентября Иосиф был уволен от управления монастырем и определён на жительство на Московское подворье Пафнутиева Боровского в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужского монастыря без содержания. 4 августа 1742 г. указом Синода был переведён на местожительство на подворье Вологодской епархии в Китай-городе близ Ильинских ворот; 20 августа ему было прибавлено 500 руб. жалованья «на служителей». В московский период жизни Иосифа в типографии вышли в свет «Тестамент Василия, царя греческого, к сыну своему Льву Философу» («Поучительные главы» византийского императора Василия I Македонянина к своему сыну византийскому императору Льву VI), «Учебник для юношества» архиепископа Феофана (Прокоповича), Часослов, «Камень веры» митрополита Стефана (Яворского) и др. «Всё свое имущество и последние годы своей жизни» Иосиф посвятил изданию Библии на грузинском языке; однако была напечатана только книга «Бытие» (1743 г.). В 1744 г. типография была закрыта. Особая духовная дружба связывала Иосифа с его соотечественником Манглисским епископом Иоанном (Саакадзе), который проживал на юге России (Дербент, Астрахань, Кизляр) и мечтал основать новый монастырь для представителей грузинской диаспоры, которая увеличивалась за счёт неиссякающего потока мигрантов из захваченной турками и иранцами Грузии.