После установления советской власти подвергался травле в печати. Был ранен во время расстрела красноармейцами в Туле 15 февраля 1918 г. общегородского крестного хода. 8 августа 1918 г. на поместном Соборе было зачитано донесение Иувеналия о захвате Тульского архиерейского дома и размещении в нём губотдела ЧК. В мае 1920 г. имя Иувеналий упоминается среди членов Священного Синода и Высшего Церковного Совета. Во время кампании по изъятию церковных ценностей весной 1922 г. на переговорах с представителями властей заявлял, что придерживается позиции, изложенной в послании патриарха Тихона. В апреле на колокольне тульского Казанского собора произошло чудесное явление иконы Божьей Матери, что вызвало массовое паломничество к храму. Власти разогнали народ и изъяли икону. Иувеналий был арестован вместе с клиром собора и привлечён к суду революционного трибунала. Его обвиняли в совершении молебна перед явленной на колокольне Казанского храма иконой Божьей Матери («использование религиозных предрассудков масс») и в противодействии изъятию церковных ценностей. 16 июля 1922 г., после открытого судебного процесса, приговорён Тульским губернским ревтрибуналом к десяти годам заключения. Находился в тюрьме Тулы. 21 ноября 1922 г. срок наказания был уменьшен вдвое по амнистии в связи с пятилетием социалистической революции. В 1923 г. освобождён досрочно. 17 октября того же года возведён в сан архиепископа и назначен управляющим Курской и Обоянской епархии. Принимал меры по борьбе с обновленцами. В ноябре 1923 г. стал автором получившего известность обличительного письма к перешедшему в обновленчество прежнему своему викарию бывшему Епифанскому епископу Виталию (Введенскому), в обновленческом расколе – митрополит, после возвращения в православную церковь – архиепископ. В феврале 1924 г. Иувеналий был вновь арестован. Обвинялся в «антисоветской агитации и контрреволюционной деятельности». В феврале 1925 г. решением особого совещания при Коллегии ОГПУ приговорён к трём годам заключения в Соловецком лагере, где служил сторожем. В Соловецком лагере особого назначения (СЛОН) начал работу над «Архиерейским Торжественником», посвящённым литургической практике архиерейских служб. Объёмный труд включал в себя около 3 тыс. страниц. Иувеналий стремился осветить историю древнерусских архиерейских служб и связать её с современной ему церковной практикой, чтобы вывести единые правила для всех архиерейских служб в разнообразных их чинопоследованиях. Стал одним из авторов составленной в 1926 г. «Памятной записки соловецких епископов» – послания заключённых архиереев к руководству СССР, в котором констатировалось тяжёлое положение церкви при атеистическом режиме и предлагались пути урегулирования церковно-государственных отношений. Освобождён из заключения по ходатайству Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) после издания «Декларации» 1927 г.