В 1730 г. Иродион совместно с Переяславским епископом Иоакимом (Струковым) подал жалобу в Синод на гетмана Даниила Павловича Апостола, обложившего духовенство новыми поборами и через своих полковников и сотников вмешивавшегося в церковные дела. Другое послание было подписано Иродионом, двумя архимандритами, шестью игуменами, протопопом, четырьмя священниками; они жаловались, что «мимо его преосвященства старшини здешние мирские иним нам делают молебни отправлять, иних по делам своим влекут к советам в канцелярии по земским делам, которие до нас не надлежат, со всех же обще требуют зборов, и иная исполняти повелевают на немалое наше затруднение, и против прежняго в знатную обиду». В тексте содержалась просьба, чтобы впредь «мирским властем мимо Синода и архиерея не ведать» местным духовенством. Ещё одно прошение черниговское духовенство подало на имя императора Петра II. 13 августа 1731 г. Синод рассматривал письма гетмана Д.П. Апостола, а также жалобы и челобитные на Иродиона о чинимых им «обидах и налогах». В результате разбирательства Синод постановил отозвать архиепископа в Киев, копии жалоб отправить для проведения следствия игумену Иосифу (Волчанскому) и кафедральному архидиакону Феофану Трофимовичу. 24 апреля 1732 г. Иродиону в связи с состоянием здоровья разрешили остаться в Чернигове, взяв письменное свидетельство того, что он не будет чинить препятствия следствию. В ходе следствия рассматривались жалобы местного духовенства и «обывателей и некоторой старшины» друг на друга. Выяснилось, что за различные проступки в своей епархии Иродион подверг церковному отлучению несколько десятков человек. Впоследствии Синод пересмотрел эти дела и 19 сентября 1735 г. снял отлучение, признав, что наказанные «страждут за единые точию партикулярные между собою ссоры, а не за иные какие толикой казни достойные правильные вины». Указом императрицы Анны Иоанновны от 19 июля 1733 г. и решением Синода от 28 июля 1733 г. Иродион был уволен от управления Черниговской епархией в связи с преклонным возрастом и болезнями и определён в Межигорский монастырь, архимандриту и братии которого полагалось «чинить его преосвященству… достодолжное почтение и послушание, яко настоятелю своему». Однако Иродион не переехал в Межигорский монастырь и продолжал управлять епархиальными делами. 2 августа 1734 г. Синод повелел членам Черниговской консистории архиепископа «выслать в самой скорости, не взирая ни на какие его преосвященства отговорки и упрямство и властолюбие, не дая ему ничего тамошнего архиерейского казённого». До прибытия в епархию нового архиерея все епархиальные дела поручалось решать членам консистории. В это время из-под власти крымских ханов в подданство российских императоров вернулись запорожцы.