Находясь в Чернигове, 16 июля 1734 г. Иродион отправил письмо кошевому атаману Ивану Алексеевичу Малашевичу с предложением, чтобы Запорожская Сечь вновь стала парафией Межигорского монастыря. После непродолжительной переписки между запорожцами, Иродионом, Киевским архиепископом Рафаилом (Заборовским) и киевским генерал-губернатором Иоганном Бернгардом Вейсбахом дело решилось в пользу Межигорского монастыря, откуда весной 1735 г. в Запорожье отправился иеромонах Павел (Маркевич), назначенный настоятелем сечевой Покровской церкви. В итоге Иродион удалился на покой в Межигорскую обитель. Ему было указано не брать с собой никакого имущества из Черниговской епархии, «кроме келейного своего скарба». Новый Черниговский архиерей, архиепископ Иларион (Рогалевский) обвинил Иродиона в том, что при переселении он «забрал с собою многие катедральные церковные и домовые вещи», в том числе облачения из архиерейской ризницы, украшенные золотом, серебром, драгоценными камнями, а также епархиальные деньги. Архиепископ Иларион безуспешно требовал от Иродиона вернуть вывезенное «казённое имение». Перед кончиной Иродион не составил письменного завещания, но устно повелел передать всё своё имущество и часть денег Межигорскому монастырю, а другую часть раздать на помин души архиереям и настоятелям монастырей. Сто золотых червонцев он завещал отроку Артемию, воспитывавшемуся при нём сироте. В небольшой библиотеке Иродиона было 59 книг, в том числе шесть рукописных. По поручению императрицы Анны Иоанновны уже после кончины Иродиона, в 1736–1739 гг., Киевский архиепископ Рафаил (Заборовский) проводил разбирательство о его имуществе, а также о землях, мельницах и дворах, якобы незаконно отнятых архиереем у полковников и прочих лиц. В результате часть имущества (золотую панагию с алмазами, два саккоса, омофор, мантию) архиепископ Рафаил вернул Черниговскому архиерейскому дому. Отпевание и погребение Иродиона в Межигорском монастыре совершил архиепископ Рафаил в сослужении Коринфского митрополита Митрофана и киевского духовенства. Согласно монастырской описи 1777 г., портрет Иродиона висел в монастырском Преображенском соборе рядом с портретами князя Андрея Юрьевича Боголюбского, патриарха Иоакима, императрицы Елизаветы Петровны и наследника великого князя Петра Фёдоровича (впоследствии император Пётр III). Сохранился парадный ростовой портрет Иродиона второй половины XVIII в. (Киево-Печерский музей-заповедник). Архиерей написан в интерьере возле стола со стоящим распятием, с Евангелием и раскрытой книгой, слева за окном пейзаж. Иродион представлен вполоборота вправо, в архиерейской мантии и омофоре, в митре с херувимами, на груди – крест, в правой руке – жезл без сулока. У него крупные черты лица, седые волосы и разделённая надвое окладистая борода. Под изображением полоса с краткими биографическими сведениями. В собрании Киево-Печерского музея-заповедника хранится также поясной портрет Иродиона XIX в. Исследователям известно, что в 1870 гг. изображение Иродиона находилось в конгрегационном зале Киевской духовной академии.