В конце 1926 г. Иринарх был арестован и в марте 1927 г. выслан в село Шайтанка (?) Марийской автономной области. С сентября того же года отбывал ссылку в городе Краснококшайске (ныне Йошкар-Ола). В декабре 1927 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) назначил на Великоустюжскую кафедру епископа Софрония (Арефьева), а отбывавший ссылку Иринарх с этого времени считался на покое. В январе 1928 г. викарий Великоустюжской епархии Никольский епископ Иерофей (Афонин) вышел из подчинения Заместителя Местоблюстителя митрополита Сергия и присоединился к иосифлянству. Епископ Иерофей отправил сообщение митрополиту Иосифу (Петровых), что канонически присоединяет к нему духовенство и мирян Великоустюжской епархии, утверждая, что делает это по благословению Иринарха, законным заместителем которого он якобы является. Однако в действительности в это время Иринарх поддержал митрополита Сергия, осудив вместе с епископом Захарием (Лобовым; впоследствии архиепископ) и другими находившимися в ссылке в Марийской автономной области архиереями отделение от Заместителя Местоблюстителя Глазовского епископа Виктора (Островидова). Также бездоказательными исследователи считают встречающиеся в литературе утверждения о якобы участии Иринарха в тайно проводимых «непоминающими» архиереями так называемых кочующих Соборах. В 1928 г. освобождён по ходатайству митрополита Сергия от дальнейшего отбывания ссылки и назначен в июле того же года епископом Якутским. Служение Иринарха на Якутской кафедре началось в период ужесточения репрессий против церкви. Был закрыт кафедральный Троицкий собор Якутска, арестована и отдана под суд большая группа якутских священнослужителей во главе с архимандритом Серафимом (Винокуровым). В том же году Иринарх по болезни выехал из Якутска в Мариуполь, по дороге в Москве имел встречу с митрополитом Сергием и получил назначение на Пермскую кафедру с возведением в сан архиепископа. Продолжал поддерживать митрополита Сергия в полемике с его оппонентами. Смог убедить в правильности проводимого Заместителем Местоблюстителя курса бывшего настоятеля верхотурского Никольского монастыря архимандрита Ксенофонта (Медведева), который стал ближайшим помощником Иринарха. 23 декабря 1931 г. арестован в Перми, этапирован в Свердловск. Проходил по делу о «контрреволюционной церковно-монархической организации “Союз богоспасающей России”» вместе с епископами Ялуторовским Серафимом (Коровиным), Курганским Иоанном (Братолюбовым) и большой группой духовенства. На следствии заявлял о своей лояльности к гражданской власти, говорил, что признаёт «наиболее необходимой и целесообразной политику согласованности между Церковью и государством. Между ними много серьёзных противоречий: но они примиримы. Иначе для Церкви нет жизни, а лишь жалкое, подпольное прозябание». 14 мая 1932 г. Особым совещанием при Коллегии ОГПУ приговорён к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Исследователи полагают, что заключение в лагере было заменено на высылку, т.к. о смерти Иринарха было официально сообщено в «Журнале Московской Патриархии», что не делалось при кончине архиерея в заключении, но допускалось при нахождении в ссылке.