Во время посещения Тобольска руководителем белого движения адмиралом Александром Васильевичем Колчаком провёл в его честь молебен у мощей Тобольского митрополита Иоанна (Максимовича). В августе 1919 г., незадолго до вступления в Тобольск частей Красной Армии, дал указания спрятать мощи Иоанна в подвале тобольского Покровского собора и эвакуировать из города церковные ценности. Вскоре покинул Тобольск с отступающими белыми частями. Был эвакуирован в Семипалатинск, потом в Иркутск. После занятия Иркутска красными войсками в начале 1920 г. выехал в Тюмень. Стал викарием Тобольского и Сибирского архиепископа Николая (Покровского). В марте 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, выступил с воззванием к верующим, которое было расценено ОГПУ как «явно контрреволюционное». 25 апреля арестован за то, что одобрил и благословил протест прихожан Затюменской Никольской церкви против оскорбления святынь. 5 июня началось слушание дела Иринарха в губернском революционном трибунале. Находясь в тюрьме под следствием, Иринарх поддержал обновленчество. 23 июля составил резолюцию о создании самостоятельной Тюменской епархии, об учреждении в Тюмени временного церковного управления и избрании делегации в Москву для установления «правильного контакта» с обновленческим Высшим церковным управлением (ВЦУ). Несмотря на переход к обновленцам, Иринарх не был освобождён из тюрьмы. Руководство обновленческого управления в Тюмени обратилось к властям с просьбой «сделать распоряжение о том, дабы заключённому епископу Иринарху в необходимых случаях, по письменным просьбам Управления в каждом отдельном случае, разрешалось в одном из храмов г. Тюмени проводить богослужения и рукополагать на них ставленников, назначенных Управлением на праздные священнослужительские места». В 1923 г. Иринарх был осуждён по делу о сокрытии ценностей Тюменского Николаевского монастыря на три года лишения свободы. В 1924 г. выслан в Смоленскую губернию, в том же году амнистирован. Вернулся через покаяние в патриаршую церковь. По указу патриарха Тихона в сентябре 1924 г. назначен временно управляющим Подольской епархией (до декабря 1924 г.). В апреле 1925 г. в Москве принимал участие в погребении патриарха Тихона. Как епископ Тюменский подписал акт о восприятии Крутицким митрополитом Петром (Полянским) власти Патриаршего Местоблюстителя. В июне 1925 г. назначен епископом Великоустюжским и Усть-Вымским. Возглавил борьбу с обновленчеством, которое до приезда Иринарха имело сильное влияние на Великоустюжскую епархию. Решительно возражал против участия представителей православных приходов в обновленческом «Третьем Поместном Соборе», отказался принимать делегацию от обновленческого епархиального управления и проводить диспут с обновленческим Архангельским епископом Михаилом Трубиным. По некоторым данным, был назначен в октябре 1926 г. епископом Ставропольским и Кубанским.