Урмийская и Супурганская епархия была объявлена православной. Тогда же постановлением Синода для утверждения в православии новоприобретённой паствы была открыта Урмийская духовная миссия, главой которой стал иеромонах Феофилакт (Клементьев; впоследствии епископ Прилукский), выпускник Санкт-Петербургской духовной академии. Иона с сопровождавшими его лицами посетил святыни Санкт-Петербурга, в Кронштадте встретился с Иоанном Кронштадтским, а затем через Москву и Кавказ вернулся в Урмию. Летом 1898 г. миссия приступила к просветительской деятельности среди воссоединённых с православием ассирийцев. Несторианские епископы Османской империи собирались последовать примеру Ионы, но из-за первых не вполне успешных шагов миссии они отказались от своего решения. В 1899 г. к православию присоединился лишь несторианский епископ Мар Абрахам Савришо с кафедрой в селе Марсаргиз (ум. в 1913 г.). Иона управлял Урмийской епархией до своей кончины. Отношения с Урмийской миссией и её начальниками: архимандритом Феофилактом, с 1902 г. с архимандритом Кириллом (Смирновым; впоследствии митрополит Казанский), с 1904 г. с архимандритом Сергием (Лавровым; впоследствии епископ Семиреченский) не всегда складывались мирно, о чём свидетельствуют послания Ионы и начальников миссии в Синод с жалобами друг на друга, а также назначенные Синодом ревизии миссии, которые провели протоиерей Иоанн Иоаннович Восторогов в 1901 г. и епископ Кирилл (Смирнов) в 1907 г. Летом 1906 г. Иона ездил в Санкт-Петербург для разрешения споров между ним и начальником миссии. На обратном пути он совершил паломничество в Иерусалим. Несмотря на противодействие и различные нападки, в том числе от многочисленных инославных миссионеров, работавших в Урмии, Иона старался укреплять единство паствы и содействовать её просвещению. В 1904 г. Урмийская епархия была разделена, епископом южной части Урмии с титулом «Тергаварский» стал архимандрит Илия Абрахам, хиротония которого состоялась в Санкт-Петербурге. В Урмии стало три православных епископа: Иона, Мар Абрахам и Мар Илия. С политикой Ионы и деятельностью Урмийской миссии связана и появившаяся в начале 1910 гг. перспектива воссоединения с православием всей Ассирийской церкви. Однако этого не произошло из-за Первой мировой войны и революции в России. Иона скончался в пятницу Светлой седмицы. Отпевание в Георгиевской церкви села Супурган 25 апреля (на Антипасху) совершил епископ Мар Илия в сослужении начальника миссии и урмийского духовенства и в присутствии российского вице-консула в Урмии при большом стечении народа. Иона был похоронен на кладбище села Супурган, надпись на его могиле выполнена на русском языке.