Основная задача автора – обосновать необходимость крещения и хранения крещальных обетов, что стало особенно актуальным после арабского завоевания; обличения некрещёных и вероотступников в трактате гораздо обширнее, чем обличения еретиков. В ходе обсуждения Иоанн III Милостивый касается таких вопросов, как соотношение образа и подобия Божия в человеке, причина существования зла в мире, превосходство христиан даже над ветхозаветными пророками, посмертная участь людей; описывает литургическую практику и обычаи, связанные с христианскими праздниками, например, погружение в воду на крещение. Догматические положения из области триадологии, христологии, литургического богословия излагаются декларативно, без обоснования. Иоанн III Милостивый пользуется сочинениями не только представителей александрийской школы (Климента Александрийского, Афанасия I Великого), но и других греческих (святителей Епифания Кипрского, Григория Нисского, Василия Великого) и коптских авторов (Пахомия Великого, патриарха Агафона, Писентия, епископа Кебта, Иоанна, епископа Парала). Некоторые сюжеты взяты из апокрифических книг («Деяния Андрея и Павла», «Поставление (архангела) Михаила», «Евангелие Варфоломея»). Автор прибегает, в основном, к типологическому и аллегорическому методам толкования, активно пользуется книгу «Физиолог». В произведении присутствуют бытовые зарисовки (рыбак на ловле), диалоги между персонажами (Христом и Иудой в аду), патетические описания (картина Страшного Суда). К жанру апологии относится описание диспута между Иоанном III Милостивым, евреем Аароном и неким халкидонитом, состоявшегося в присутствии Абд аль-Азиза. Текст дошёл во фрагментах на коптском языке и полностью в арабском переводе в рукописях XVI–XIX вв. Причиной для встречи послужила смерть одного еврея, у которого не было наследников и имущество которого отходило государству. Среди вещей был драгоценный сосуд, в котором хранилась часть дерева. Иоанн III Милостивый предположил, что это частица Креста Господня. Провели испытание огнём, она не сгорела. Иоанн III Милостивый выкупил эту реликвию за 3 тыс. динаров. Под впечатлением чуда Абд аль-Азиз выступил инициатором диспута об истинной религии. Особое внимание в сочинении уделено евхаристии и вопросам литургической практики (употребление воды после причащения, использование деревянного била). Иоанн III Милостивый, по мнению Т. Орланди, также является автором Похвального слова в честь великомученика Мины, особо почитаемого в Египте. В заключительной части Слова упоминается имя составителя – Иоанн. В пользу авторства Иоанна III Милостивого говорит тот факт, что в монастыре Братьев, где он подвизался, была церковь св. Мины. Некоторые учёные приписывают авторство патриархам Иоанну I, Иоанну IV или Иоанну, эконому церкви св. Мины (издатель текста Дж. Дрешер). Несохранившееся послание Иоанна III Милостивого братии монастыря св. Макария, написанное по поводу кончины Иоанна, игумена Скитского, легло в основу Жития этого подвижника, как сообщает его анонимный автор.