Коптская традиция называет местом его первоначальных подвигов Скит, однако упоминаемые в качестве его наставников некие Исидор и Пимен исследователи не могут отождествить с известными одноимёнными подвижниками, поскольку первый вряд ли был значительно старше Иоанна Ликопольского, а второй был намного младше его. Впоследствии Иоанн Ликопольский возвратился в родной город и поселился в пяти милях от него в гористой и труднодоступной местности. Согласно епископу Палладию, ему было в этот момент около 30 лет, согласно Руфину Аквилейскому – 40. Здесь он соорудил себе келью, состоящую из трёх помещений: для молитвы, для житейских нужд и для работы. В копто-арабском Синаксаре сообщается, что келью Иоанну Ликопольскому построили монахи соседнего монастыря Эль-Ханада, которые также приносили подвижнику еду. Косвенное подтверждение тому, что вокруг Иоанна Ликопольского постепенно сложилась община нуждающихся в его духовном руководстве, исследователи находят в рассказе епископа Палладия об особом, выстроенном братией помещении для ожидающих встречи с ним. Иоанн Ликопольский провёл в затворе всю оставшуюся жизнь, принимая посетителей лишь по субботам и воскресеньям и беседуя с ними через небольшое окошко. Больше всего Иоанн Ликопольский прославился пророческим даром, о котором сообщают все без исключения источники. Этого дара он удостоился, проведя в затворе 30 лет. Наиболее известны пророчества, данные им императору Феодосию I Великому о победе над узурпаторами Максимом (388 г.) и Евгением (394 г.). Согласно Созомену, к преподобному в Ликополь ездил могущественный фаворит императора Феодосия евнух Евтропий, чтобы узнать, будет ли побеждён Евгений. Иоанн Ликопольский предсказал Феодосию не только победу, но и скорую смерть. Преподобный открывал будущее военачальникам, приходившим к нему, чтобы получить совет о ведении военных действий против совершавших набеги кочевников, а также жителям округи, в том числе относительно разлива Нила и предстоящего урожая. Иоанн Кассиан Римлянин подчёркивал, что этого дара Иоанн Ликопольский удостоился благодаря добродетели послушания, приводя в качестве одного из примеров неоднократно встречающийся в патристической литературе сюжет о том, как ученик поливал по приказу своего аввы сухую палку, посаженную тем в землю. Все детали этого рассказа напоминают аналогичную историю с аввой Аммоем и Иоанном Коловом, с тем только отличием, что в данном случае сухая палка, несмотря на регулярный полив, так и не принялась, а авва, приведённый в изумление послушанием своего ученика, выдернул её из земли и приказал больше не поливать. Иоанн Ликопольский также отличался прозорливостью, видя людские помыслы. Он стяжал дар исцелений, но никогда не совершал их явно, избегая мирской славы, а благословлял масло и отдавал его просителям. Преподобный не принимал женщин, однако иногда, снисходя к их просьбам, давал им наставления, являясь во сне, как это произошло с женой трибуна. Аскетическое учение Иоанна Ликопольского достаточно традиционно для египетских отцов того времени. Он считал, что смирение есть первейшая из заповедей Спасителя. Помимо приводимых Иоанном Кассианом Римлянином примеров послушания Иоанна Ликопольского наиболее полно воззрения этого святого сформулированы в беседе с семью иноками, приведённой в «Истории египетских монахов».