Иона назначал настоятелями монастырей в Луцкой епархии не духовных, а светских лиц: наречённым игуменом Красносельского Преображенского монастыря был земянин Богдан Шашка-Конюхский, наречённым архимандритом Дерманского во имя Святой Троицы монастыря близ Острога – шляхтич Мелетий Джуса. Из-за долгов Иона постепенно лишался имений на Волыни. В счёт уплаты личных долгов он отдавал не только родовые имения, но и церковные. В частности, в июне 1574 г. епископ передал княгине Анне Чарторыйской в счёт уплаты долга помимо родового имения Омеляник под Луцком четыре имения Луцкой кафедры (Одерады, Тертки, Седмярки и Подберезье) и одно имение Жидичинского монастыря (село Боголюбы). Под давлением судебных решений Иона вынужден был отказаться от такой практики. В августе 1577 г., когда немецкий купец М. Вольбах обвинил Иону в неуплате 12 тыс. старых талеров и 370 тыс. польских злотых, суд передал М. Вольбаху родовые имения Ионы – местечко Красное (близ города Дубно) и село Иванчицы, церковные владения не затрагивались. Положение Ионы особенно ухудшилось после того, как в конце 1580 г. умер его влиятельный родственник луцкий староста Александр Жоравницкий, и новым старостой стал личный враг Луцкого епископа князь Александр Пронский, который в 1582 г. наложил на Иону ряд взысканий, отнял часть имений. Тогда Иона увеличил поборы с приходского духовенства. 25 апреля 1583 г. в суд поступила жалоба от луцкого духовенства в связи с тем, что Иона запечатал восемь приходских церквей Луцка, сохранив богослужение только в кафедральном соборе в Луцком замке, и потребовал от духовенства внести плату за снятие печатей и открытие храмов для богослужения. В августе 1583 г. произошло очередное вооружённое столкновение Ионы с луцким старостой из-за Жидичинского монастыря, вследствие которого епископ был изгнан из обители. Князь А. Пронский разрушил устроенное Ионой на территории обители укрепление (фольварок), в мае 1584 г. велел выбросить из могил на прицерковном кладбище останки его родственников, как писал об этом Иона в жалобе, направленной во Владимирский гродский суд. Впоследствии Иона жаловался на то, что в ноябре 1583 г. князь А. Пронский отнял у него Пречистенский Святогорский мужской монастырь в предместье Луцка Хмельник, сразу же переданный Феодоре Яновой Загоровской. Она устроила там женскую обитель, изгнав игумена Матфея, которого обвинила в хищении церковного имущества. Когда сторонники Ионы во главе с бывшим игуменом Матфеем попытались 3 января 1584 г. вернуть монастырь, произошло столкновение, игумен Матфей был убит. Заявление Ионы осталось без последствий. За очередное вооружённое нападение на Жидичинский монастырь, нанесение ран и увечий монастырским слугам и братии решением короля от 18 февраля 1585 г. Иона и его сын королевский секретарь Василий (вскоре был убит) были приговорены к банниции (лишению прав). Указом от 21 марта 1585 г. король отсрочил исполнение приговора на шесть месяцев в связи с тем, что Иона обязался вернуть в Жидичин все похищенные вещи. Иона умер до приведения приговора в исполнение. 17 сентября 1585 г. на ставшую вакантной Луцкую кафедру был назначен епископ Кирилл (Терлецкий). После смерти Ионы его невестка Анна Василева Борзобогатая и её сыновья Константин и Василий забрали из луцкого кафедрального собора 16 грамот, подтверждавших имения кафедры, пергаменное Евангелие и драгоценную утварь. Часть похищенного была отобрана у родственников Ионы и возвращена в собор епископом Кириллом.