В 1811 г. в связи с вхождением ГПЦ в состав Грузинского экзархата РПЦ многие обветшавшие церкви и монастыри были закрыты, в том числе и Икорта. Во второй половине XIХ в. с укреплением национально-просветительского движения в Грузии интерес к Икорте вырос. В 1891 г. было создано Общество по спасению и восстановлению Икорты, куда вошли представители грузинского дворянства и духовенства, в 1891–1892 гг. были собраны средства на реставрацию. В мае 1895 г. грузинский экзарх архиепископ Владимир (Богоявленский) и инспектор при Обществе восстановления православного христианства на Кавказе Георгий Садзаглишвили (впоследствии католикос-патриарх всей Грузии Кирион III), путешествуя по Картли, ознакомились с церквами этого региона и особое внимание уделили Икорте. В 1916 г. в церкви провели значительные ремонтные работы, которыми руководил архитектор Леопольд Бильфельд, автор проектов многих жилых домов, лютеранской кирхи и православной церкви Квашвети в Тифлисе. В 1917 г. храм был закрыт. В 1961–1962 гг. Главным управлением охраны памятников Грузии в церкви Икорты были проведены укрепительные работы. Землетрясение 29 апреля 1991 г. вновь сильно разрушило церковь. Последние основательные реставрационные работы были проведены в 1999–2003 гг. комитетом ICOMOS (Международный совет по вопросам охраны памятников и достопримечательных мест) в Грузии под руководством архитектора Мераба Бочоидзе. В августе 2008 г. Икорта находился в зоне военных действий и был повреждён. Церковь во имя архангела Михаила (18,50х13,25 м) относится к типу вписанного креста, её объёмно-пространственная композиция и декор очень близки расположенному неподалёку храму Самтависи (1030 г.). Здание церкви возведено из тёсаных квадр желтовато-золотистого песчаника. Купол опирается на четыре восьмигранных столба, восточная пара которых соединена с простенками алтарной части. Западный рукав креста удлинён парой столбов. С востока храм завершается глубокой апсидой с вимой. Пастофории расположены по бокам апсиды в два этажа. Наверху находятся тайники, где во времена нашествий хранили иконы и ценности, внизу жертвенник и диаконник. Нижние пастофории в отличие от большинства грузинских церквей, где они отделены от основного пространства дверями, в Икорте во всю ширину раскрыты арками, что создаёт впечатление цельности пространства. Западный рукав креста удлинён двумя продольными арками, которые опираются на изящные колонны (сохранилась северная колонна). В верхнем этаже западного рукава устроены хоры, предназначенные для певчих, представителей высшего сословия и женщин. По традиции грузинских памятников ХII в. интерьер храма был хорошо освещён пятью окнами в нижней части здания и 12 в куполе.