Католикос-патриарх Грузии Мельхиседек III (Пхаладзе; 1952–1960 гг.) возвёл Иоанна в сан архимандрита, иеромонаха Георгия рукоположил во игумена. В середине 1950 гг. в беседе с паломниками старец схиигумен Кукша (Величко) назвал их светильниками. О духовной жизни Иоанна и игумена Георгия известно немногое. Знавшие их отмечали, что между ними «была необычная… духовная любовь, они жили необыкновенно дружно, трогательно заботились друг о друге, что редко встречается и среди родных братьев». Иоанн отличался добротой и мягкостью характера, приветливостью, глубокой духовной мудростью, был прост в общении. Многие традиции, которые он установил в монастыре, были принесены им с Афона. Старец любил ухаживать за паломниками, выслушивал всех, угощал во время трапезы, раздавал носки, которые вязал из овечьей шерсти. Имел дар прозорливости. Игумен Георгий был строгим аскетом: спал на доске в неотапливаемой комнате, ночью совершал долгое молитвенное правило. Много читал, знал святоотеческую литературу, его усилиями в Бетаниа была собрана хорошая библиотека. Власти отмечали его образованность. Первый секретарь ЦК КП Грузинской ССР Кандид Несторович Чарквиани по его просьбе выделил монастырю сахар, чтобы спасти монастырскую пасеку в неурожайный год. Игумен Георгий был известен своей прозорливостью и даром исцеления; так же как и Иоанн, он принял подвиг старчества. Бетаниа и оба её насельника неоднократно подвергались нападениям со стороны разбойников, считавших, что старцы прячут в монастыре ценности и крупные суммы денег. У них несколько раз воровали коров, муку, различную утварь. Однажды разбойники отвели Иоанна за храм и стреляли ему под ноги, требуя золото. В 1954 г. старцы приняли в монастыре 31-летнего послушника Валентина Пирцхалаву, до этого подвизавшегося в монастыре Теклати. Они постригли его с именем Василий и рукоположили во иерея. Молодой монах вёл строгую подвижническую жизнь, много читал, прекрасно проповедовал. Его появление обеспечило обители некоторую защиту, насельники завели собаку и приобрели ружьё. В 1957 г. от сердечного приступа скончался Иоанн. По благословению католикоса-патриарха Мелхиседека III иеромонах Василий в том же году постриг игумена Георгия в великую схиму. В память об Иоанне он взял имя Иоанн.