Фридрих II сразу после женитьбы на Изабелле в Бриндизи (9 ноября 1225 г.) сместил Иоанна Бриенния с поста регента Иерусалимского королевства, объявив себя его законным правителем. Иоанн Бриенний укрылся в Риме, найдя союзника в лице нового папы Григория IX, отлучившего Фридриха II от церкви 29 сентября 1228 г. Когда годами уклонявшийся от выполнения своего обета участвовать в Крестовом походе император в 1228 г. всё же отправился в Святую землю, Иоанн Бриенний возглавил армию папы Григория IX и одержал в Италии ряд побед над войсками Фридриха II. Вернувшись из Палестины в июле 1229 г., император разбил армию папы. По заключённому в августе 1230 г. мирному договору захваченные Иоанном Бриеннием Монте-Кассино и Гаэта были возвращены Фридриху II. При поддержке Григория IX Иоанн Бриенний занял трон правителя Латинской империи. После смерти Роберта де Куртене в январе 1228 г. титул латинского императора Константинопольского перешёл к его 11-летнему сыну Балдуину II де Куртене (1228–1261 гг.). Сначала бароны хотели сделать регентом при малолетнем императоре болгарского царя Ивана Асеня II, но затем предпочли кандидатуру Иоанна Бриенния. Тот согласился принять предложение при условии, что Балдуин женится на его дочери Марии. По соглашению, заключённому в Риети с представителями баронов Латинской империи и утверждённому папой Римским 19 апреля 1229 г., Иоанн Бриенний также получал в наследственное владение (апанаж) Никомидию. В 1231 г., после прибытия в Константинополь, Иоанн Бриенний был коронован императором. Латинская империя на тот момент находилась в кризисном положении. Её территория сократилась до Константинополя и его окрестностей, Болгарское царство, Никейская империя и Эпирский деспотат вели политику, направленную против «латинян». Многие западные рыцари покидали Латинскую империю. В 1233 г. Иоанн Бриенний совершил военную экспедицию на территорию Никейской империи, высадившись в Лампсаке, и захватил ряд крепостей; однако результаты похода закрепить не удалось. В 1235 г. никейский император Иоанн III Ватац и болгарский царь, заключив союз, осадили Константинополь. Несмотря на малочисленность городского гарнизона (не более 160 рыцарей), Иоанну Бриеннию удалось отстоять город благодаря поддержке венецианского флота. В следующем году Иоанн Ватац и Иван Асень предприняли повторную попытку отвоевать Константинополь у «латинян», но греко-болгарский флот был разбит венецианцами. Иоанн Бриенний умер в Константинополе, незадолго до этого приняв монашеский постриг от францисканца Бенедикта д'Ареццо.