Однако разногласия между Иоанном Бриеннием и кардиналом Пелагием достигли крайней степени: руководители Крестового похода не могли разделить между собой захваченный город, и легат грозил отлучением всем тем, кто поселятся в квартале иерусалимского короля. Под предлогом участия в престолонаследии Киликийской Армении весной 1220 г. Иоанн Бриенний со своими войсками покинул Дамиетту. Возглавивший крестоносцев Пелагий отверг новое мирное предложение аль-Камиля, переданное султаном через Франциска Ассизского. Летом 1220 г. снаряжённый аль-Камилем флот уничтожил суда крестоносцев возле острова Кипр. По требованию легата оставшиеся в Египте крестоносцы в июле 1221 г. совершили поход на Каир (совпавший с разливом Нила), в котором пришлось участвовать и Иоанну Бриеннию. Все попытки Иоанна Бриенния взять на себя руководство кампанией сталкивались с выдвигавшимися Пелагием обвинениями в измене. В результате возле Эль-Мансуры войско крестоносцев было окружено и блокировано среди каналов; после того как султан приказал разрушить плотины, в результате чего были затоплены позиции противника, крестоносцы сдались, возвратив аль-Камилю Дамиетту в обмен на свободу (30 августа 1221 г.). Иоанн Бриенний на некоторое время стал заложником султана, с которым у него установились почти дружеские отношения. Иоанн Бриенний смог заключить с аль-Камилем новое, семилетнее перемирие. Стремясь привлечь внимание европейских правителей к судьбе Иерусалимского королевства, Иоанн Бриенний в 1222 г. отправился в Европу вместе с легатом Пелагием, латинским патриархом Иерусалимским и магистрами духовно-рыцарских орденов. Он встретился с папой Гонорием III в Ферентино, где магистр Тевтонского ордена Герман фон Зальца предложил Иоанну Бриеннию обручить его дочь Изабеллу с императором Фридрихом II Штауфеном, недавним противником рода де Бриенн. Иоанн Бриенний, рассчитывая на военную помощь будущего зятя в борьбе за Иерусалим, дал согласие, что привело к резкому охлаждению отношений с французским королём Филиппом II Августом. В 1223 г. Иоанн Бриенний посетил королевские дворы Франции и Англии, собирая средства на нужды крестоносцев. В следующем году совершил паломничество к гробнице апостола Иакова в Сантьяго-де-Компостела и женился в третий раз – на Беренгарии, дочери короля Леона Альфонсо IX и племяннице французской королевы Бланки Кастильской.