В отличие от более ранних авторов он не ограничивается классификацией модусов по последнему тону мелодии (finalis), которая одновременно служит основной ладовой опорой распева, но подчёркивает особую роль второй ладовой опоры – тенора. Иоанн Афлигемский анализирует этическое и эмоциональное воздействие модусов, рассматривает их связь с принципами музыкальной композиции, которые сравнивает с категориями средневековой грамматики. Значительный интерес для изучения певческой практики Средневековья представляют главы XV и XXII, где обличаются невежественные певчие, отклоняющиеся от правил музыкального искусства, и предлагаются способы исправления допущенных ими ошибок. Особое внимание позднейшие исследователи уделяли посвящённой многоголосному пению XХIII главе трактата. Сравнение её с соответствующими разделами «Микролога» Гвидо Аретинского (глава XVI) показывает, в каком направлении развивалось на протяжении XI в. искусство европейской полифонии. Иоанн Афлигемский пишет о возможности противоположного движения голосов, подчёркивая, однако, необходимость сохранения между ними консонантных интервалов – кварты, квинты, октавы и унисона. В приводимых им примерах введение второго голоса основано на принципе «нота против ноты». Определяя описанный Иоанном Афлигемским тип многоголосия как простой органум (organum simplex), он пишет и о возможности более сложных полифонических решений – одной ноте первого голоса могут соответствовать две или три ноты второго. В известных списках трактата соответствующие нотные примеры не приводятся, однако такой тип многоголосия хорошо известен по современным Иоанну Афлигемскому певческим книгам. Он был хорошо знаком с нотационной практикой своей эпохи. Иоанну Афлигемскому была известна буквенно-интервальная нотация Германа Расслабленного (глава XXI) и буквенные обозначения модусов, принятые в рукописной традиции монастыря Санкт-Галлен (глава XI). Буквенные обозначения, принятые в Санкт-Галлене для записи певческого ритма (так называемые Романовы буквы), были отвергнуты Иоанном Афлигемским как неоднозначные (глава XXI). Подвергается критике невменная нотация как таковая; Иоанн Афлигемский высказывается в пользу линейного нотного письма, введённого Гвидо Аретинским и позволяющего заучивать григорианские распевы без ошибок. В этом разделе, как и в трактате в целом, отражена практика переходного для истории западноевропейской музыки рубежа XI и XII вв. – эпохи, отмеченной целым рядом изменений в нотном письме и певческом искусстве.