Два небольших трактата о брачном праве – «Lectura super arboribus consanguinitatis et affinitatis» («Чтение к древам родства и свойства») и «Summa de sponsalibus et matrimonio», или «Summa super IV libro Decretalium» («Сумма об обрученных и браке, или Сумма к книге 4 Декреталий Григория IX»), – широко использовались в канонистике и в Новое время. Главными трудами Иоанна Андреа стали комментарии к Декреталиям Григория IX – «In quinque libros Decretalium novella commentaria» («Новые комментарии на пять книг декреталий»; около 1338 г.) и к «Liber Sextus» – «Quaestiones mercuriales» («Вопросы, (обсуждавшиеся) по средам»; до 1338 г.). Иоанн Андреа снабдил текст папских декреталий глоссами, отметив изменения и дополнения в папском законодательстве по «Liber Sextus», «Constitutiones Clementinae» и «Extravagantes communes», и дополнил ординарной глоссой, собрав всё, что он находил разумным и полезным в канонических сборниках предшественников и современников. Сочинение «In Sextum Decretalium librum novella commentaria» («Новые комментарии на шестую книгу декреталий»; 1338–1342 гг.) фактически представляет собой его дополнения и исправления с учётом «Constitutiones Clementinae», декреталий папы Иоанна XXII и новых комментариев других канонистов к своему аппарату глосс к «Liber Sextus». В сочинении «Quaestiones mercuriales» собраны комментарии к титулу «De regulis iuris» в «Liber Sextus»; кроме того, туда были включены больше сотни тем для учебных диспутов (quaestiones disputatae), сформулированных Иоанном Андреа и другими канонистами (расположены в алфавитном порядке инципитов). Предварительным наброском комментариев Иоанна Андреа к «Constitutiones Clementinae» считаются «Apostillae» («Примечания»; 1324–1330 гг.). Последней работой Иоанна Андреа стали составленные им в 1346–1347 гг. «Additiones ad Speculum iudiciale» («Добавления к “Судебному зерцалу” Вильгельма Дуранда Старшего»). По мнению исследователей, сочинения Иоанна Андреа ценны тем, что в них собраны глоссы канонистов предшествовавшего периода, многие из этих глосс не сохранились и известны только в передаче Иоанна Андреа. Он снабжал глоссы краткими сведениями об авторах из болонской устной традиции; его сочинения (особенно «Additiones ad Speculum iudiciale») – ценный источник по истории болонской юридической школы.