27 апреля 1991 г. в обители был открыт созданный Иннокентием научный центр «Музей Библии». Учредитель музея митрополит Волоколамский Питирим назначил Иннокентия его директором. На базе монастыря под руководством Иннокентия было основано Международное Волоколамское краеведческое общество. С 1990 г. ежегодно в день памяти преподобного Иосифа он проводил научно-богословские конференции, посвящённые истории церкви и русской культуры. В ночь на 1 апреля 1993 г. в настоятельском корпусе Волоколамского монастыря на Иннокентия напали два уголовника и жестоко избили. Решив, что Иннокентий потерял сознание, преступники вышли в соседнюю комнату, после чего Иннокентий выпрыгнул со второго этажа на бетонную отмостку. Тяжёлая травма позвоночника, перелом ноги, бесчисленные раны на теле надолго приковали его к постели. Несмотря на полученные ранения и травмы, Иннокентий принимал активное участие в работе XI Международного съезда славистов в Братиславе в августе 1993 г., где представлял вышедшие из печати тома Русской Библии и проект в целом. В 1993–1994 гг. провёл несколько месяцев в Киккском монастыре на Кипре, а в дни праздников Рождества Христова и Богоявления совершил паломничество во Святую землю, молился на Голгофе и у Гроба Господня, побывал на горе Синай, в монастыре великомученицы Екатерины. Выйдя на покой, Иннокентий был принят в число братии Новоспасского ставропигиального московского монастыря. Скоропостижно скончался от острого сердечного приступа в келье епископа Порфирия (Успенского), которого особо почитал. 14 июля 1994 г. состоялся чин погребения, отпевание в Преображенском соборе обители совершил наместник архимандрита Алексий (Фролов; позже архиепископ Орехово-Зуевский). Во время отпевания в алтаре молился митрополит Питирим, бывший председатель Издательского отдела Московской патриархии, под началом которого Иннокентий трудился много лет. Проститься с почившим к началу литургии в обитель прибыл Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, духовные чада почившего и представители научной общественности из многих городов России. Могила Иннокентия напротив Преображенского собора монастыря почитается верующими. Награждён орденами св. Владимира третьей степени и Сергия Радонежского второй степени. В 1996 г. епископ (ныне архиепископ) Орехово-Зуевский Алексий (Фролов) передал архив Иннокентия в Отдел рукописей Российской государственной библиотеки. Впервые в новейшей истории в государственном архивохранилище был создан личный архивный фонд священнослужителя.