Альбом «Троице-Сергиева лавра» является одной из лучших книг, посвящённых обители Сергия Радонежского. Ещё в студенческие годы Иннокентий познакомился с сотрудниками многих архивохранилищ и отделов рукописей крупнейших библиотек Москвы и Ленинграда, выдающимися исследователями православного рукописного наследия Александром Александровичем Амосовым, Владимиром Павловичем Бударагиным, Ириной Николаевной Лебедевой, Ольгой Петровной Лихачёвой, Юрием Александровичем Неволиным, Николаем Николаевичем Розовым, Н.Б. Тихомировым и др. Как исследователь Иннокентий рано осознал необходимость собирания и обновления источниковой базы по истории РПЦ за весь период её существования, публикации источников и неизданных трудов церковных учёных XIX–XX вв., создания библиографических справочников по различным отраслям церковной жизни и истории. Это стало приоритетом в его научной и научно-организационной деятельности. Одним из наиболее масштабных замыслов Иннокентия, реализованных к сожалению, лишь в малой степени, представлял его проект «Русская патристика», направленный на серийную публикацию и комплексное изучение всей совокупности творений русских церковных писателей XI–XVII вв. Участвовал в издании богослужебных Миней (в связи с 1000-летием Крещения Руси), был инициатором включения служб русским святым в корпус Миней, отредактировал текст этих служб. Издание Миней исследователи по праву называют делом всей жизни Иннокентия. Другая его грандиозная работа – выпуск десятитомной Русской Библии, богато иллюстрированной миниатюрами. Издание продолжалось 20 лет, при жизни Иннокентия вышли седьмой и восьмой тома, включающие все книги Нового Завета. Огромный иллюстративный материал (без указателей), сопровождающий тома Русской Библии (в значительной мере полученный Иннокентием благодаря личному знакомству с сотрудниками хранилищ и светскими исследователями), превратил это издание в неоценимый источник по истории древнерусского и старообрядческого искусства и книжной культуры: снимки многих десятков рукописей исследователи могут увидеть только в этом издании. Значительным было участие Иннокентия в совместном с издательством «Аврора» выпуске Остромирова Евангелия. По словам Анатолия Аркадьевича Турилова, «нелегко назвать издание Московского Патриархата, вышедшее в середине 1960 – начале 1990 годов, к которому он не был бы причастен».