13 февраля 1930 г. арестован в Балашове, содержался в местной тюрьме. Вместе с Иаковом по делу о «контрреволюционной церковной организации» была арестована большая группа проживавших в Балашове священнослужителей, монашествующих и мирян. На допросах Иаков отказался давать показания против арестованных вместе с ним людей (благодаря чему многие из обвиняемых были освобождены), не признал себя виновным в «антисоветской деятельности». 9 июня 1930 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к трём годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок заключения на Соловецких островах, в Кеми и Вишерских лагерях. 16 декабря 1932 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ по отбытии срока к трём годам ссылки в Уральскую область, однако из-за несогласованности действий местных органов ОГПУ при освобождении из лагеря не был отправлен по этапу, в связи с чем объявлен в розыск. Не зная, что находится в розыске, Иаков посетил в Москве Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). 4 апреля 1933 г. был назначен епископом Барнаульским с поручением временного управления Бийской епархией. В 1935 г. возведён в сан архиепископа. Несмотря на хронические болезни, почти ежедневно проводил службы в кафедральном Знаменском соборе, на которые собирались прихожане не только из Барнаула, но и из окрестных сёл. Завёл в церквах всенародное пение для сознательного восприятия прихожанами богослужения. Всегда ходил по городу в священническом одеянии, несмотря на хулу и насмешки. 29 октября 1936 г. был арестован в Барнауле, этапирован в Бийск, где помещён в тюремную больницу, а 19 ноября заключён в тюрьму. Вместе с группой священнослужителей и мирян, в том числе со священниками Петром Гавриловым, и Иоанном Можириным и с монахом Феодором (Никитыным), проходил по делу о «контрреволюционной повстанческой организации» в ряде районов Алтая. На допросах Иаков отказался признать себя виновным в «антисоветской деятельности», доказал на следствии ложность обвинений, возводимых на него лжесвидетелями. 9 апреля 1937 г. выездная сессия Специальной коллегии Западносибирского краевого суда, не найдя достаточных доказательств по предъявленным обвинениям, постановила отложить слушание дела и отправить его на доследование. После издания распоряжения Политбюро ЦК ВКП(б) от 2 июля 1937 г. «Об антисоветских элементах» дело Иакова было направлено на рассмотрение во внесудебном порядке. 25 июля Особая тройка УНКВД Западносибирского края приговорила Иакова в числе других обвиняемых к расстрелу. Был казнён, вероятно, на территории барнаульской тюрьмы НКВД, размещавшейся в бывшем барнаульском Богородице-Казанском женском монастыре. Погребён в безвестной могиле. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.