Иаков обратился к прежде знакомому ему по миссионерской деятельности бывшему викарию Оренбургской епархии Тверскому архиепископу Серафиму (Александрову) с письмом, в котором излагал обстоятельства дела. Получив ответ архиепископа Серафима о спорности в каноническом отношении его хиротонии, Иаков немедленно прекратил совершение богослужений. В конце июля дважды пытался выехать в Москву для встречи с патриархом Тихоном, но задерживался в поезде сотрудниками ОГПУ и после кратковременных арестов возвращался в Орск. 5 августа новое собрание священнослужителей Орска приняло решение войти с Иаковом в церковно-евхаристическое общение. 3 сентября Иаков отправил патриарху Тихону письмо с принесением покаяния и просьбой о принятии в общение. Тихон в ответном послании сообщил о принятии Иакова в молитвенное общение при условии письменного заявления о разрыве с обновленцами. Иаков составил заявление о выходе из подчинения обновленческому синоду, после чего его хиротония была признана действительной как совершённая архиереями канонического поставления, не находившимися в тот момент под запрещением. В конце 1923 г. Иаков сумел выехать в Москву, где встретился с патриархом Тихоном и получил от него ставленническую грамоту. 31 июля 1924 г. Иаков был назначен епископом Оренбургским. Активно противодействовал в епархии обновленческому расколу. Его авторитет среди верующих беспокоил представителей советской власти. Неоднократно его вызывали на допросы в ОГПУ. Иаков решительно отказался от предложений негласного сотрудничества с властями, не согласился с требованием примириться с обновленцами и ограничить число проповедей. Он заявил, что проповедь – уставная часть богослужения, а отменять устав он не может. 13 января 1925 г. Иаков был запрещён обновленческим синодом в священнослужении. Прибывший в Оренбург обновленческий «архиепископ» Андрей Соседов при поддержке властей захватил здание епархиального управления, кафедральный собор и несколько других храмов. В том же году Иаков был арестован вместе с группой священнослужителей и мирян – членов епархиального совета и, несмотря на ходатайства прихожан, приговорён в июле 1925 г. Коллегией ОГПУ к высылке из Оренбурга на два года. Проживал под надзором властей в Самаре. 2 января 1928 г., после окончания срока высылки, Иаков был назначен епископом Курганским, викарием Тобольской епархии, но к месту назначения, видимо, не выехал. В том же году назначен епископом Осташковским, викарием Тверской епархии. С 6 февраля 1929 г. – епископ Балашовский, викарий Саратовской епархии. Иаков оказывал верующим помощь в составлении ходатайств в органы советской власти о сохранении действующих или об открытии уже закрытых храмов. Своей твёрдой позицией в защите веры убедил прихожан в ложности обвинений в обновленчестве, которые выдвигали против него как сторонники григорианского раскола, так и буевцы, сохранил паству в верности Московской патриархии.