Высочайший указ от 12 января 1723 г. повелевал Иоакиму «за некоторые его величеству известные причины, из Астрахани вывести и определить в которую пристойно епархию викарием». 23 июня того же года Иоаким был назначен епископом Корельским и Ладожским, викарием Новгородской епархии. Был ближайшим помощником архиепископа Феодосия (Яновского). В сентябре 1723 г. участвовал во встрече в Новгороде ковчега с мощами князя Александра Невского, совершал торжественные богослужения в Софийском соборе по случаю перенесения мощей в Санкт-Петербург. 16 марта 1726 г. Иоаким возглавил Вологодскую, а 22 апреля того же года – Суздальскую епархию. Построил несколько церквей в Суздале, в том числе «обетную» каменную церковь в честь Похвалы Пресвятой Богородицы на месте деревянной Варваринской церкви, в которой начинал священническое служение. При архиерейских палатах устроил «контору церковных дел». Поддержал начинание князя Ивана Алексеевича Урусова по возведению в селе Чечкине Суздальского уезда храма в честь Владимирской иконы Божьей Матери (1730–1733 гг.). При нём во время копания рвов для строительства нового Казанского храма в Суздале был найден гроб с останками иконописца инока Иоакима, написавшего в XVII в. чтимую Суздальскую Казанскую икону Божьей Матери. В 1728 г. Иоаким участвовал в торжествах по поводу коронации императора Петра II, а спустя два года по распоряжению Синода с января 1730 г. служил панихиды в церкви Слободского дворца у гроба умершего императора. С 21 июля 1730 г. по апрель 1735 г. – член Святейшего Синода. В сентябре-октябре 1730 г. вместе с архиепископом Сарским Леонидом присутствовал при допросе в Сенате митрополита Игнатия (Смолы) и архиепископа Георгия (Дашкова) по делу Воронежского епископа Льва (Юрлова), вовремя не объявившего пастве манифест о воцарении императрицы и не упомянувшего её имени на литургии. В июле-ноябре 1731 г. участвовал в разбирательстве по делу «о проступках» камчатского миссионера иеромонаха Игнатия (Козыревского). 13 апреля 1731 г. Иоаким был переведён на Ростовскую кафедру, 16 июня того же года возведён в сан архиепископа. В 1731–1740 гг. восстановил кафедральный Успенский собор, пострадавший при пожаре 1730 г. В соборе построил деревянные резные иконостасы: большой, «круг столпов», над гробницами Ростовских святителей Исаии и Игнатия, а также в приделе во имя Леонтия Ростовского. Для иконостасов, вызолоченных «красным и двойным золотом», были написаны новые иконы. Устроил «сени и место архиерейское резное предивной работы». В ризницу собора вложил саккос «рудожелтой материи золотной, в середине крест вынизав жемчугом с венцами», напрестольное Евангелие («полуалександрийской бумаги, облочено бархатом червчатым»), иконы Спасителя и евангелистов, «чеканные серебряные, золочёные».