В 1078/1079 г. в соответствии с папским распоряжением герцог Вильгельм VIII воспретил принимать в состав капитула сыновей клириков и незаконнорождённых, а также ограничил число каноников 60. В соответствии с принципами григорианской реформы герцог передал капитулу права на владение церковью, «которая была насильственно присвоена нашими родителями и предшественниками, нами же во искупление такого их греха да будет возвращена с почтением». Рост влияния капитула привёл к заключению договоров о взаимном литургическом поминовении и помощи (confraternitas) с капитулом базилики св. Урсина в Бурже (1079 г.) и с монастырём Мармутье близ города Тура (1081 г.). О возрождении монашеской жизни свидетельствует грамота 1080 г., в которой речь идёт о передаче церкви св. Лаврентия в Бургундии каноникам церкви св. Илария, выразившим желание принять устав регулярных каноников. Одним из условий этого акта было обязательное совершение богослужений в три дня памяти Илария. Рост благосостояния капитула привёл к ряду злоупотреблений, следствием которых было постановление епископа Пуатье Петра II о разделении имущества казначея и каноников (между 1092 и 1115 гг.). В дальнейшем имущественные споры, часто требовавшие вмешательства архиепископа Бордо, также нарушали единство капитула. Папский престол и епископы Пуатье поддерживали усилия капитула по возвращению владений, незаконно присвоенных светскими лицами. В 1142 г. Римский папа Иннокентий II вновь принял базилику св. Илария с её владениями под особое покровительство Папского престола. Папы Александр III, Луций III, Иннокентий IV неоднократно вмешивались в деятельность капитула, указывали на злоупотребления и противоправные действия каноников, но поддерживали их в имущественных и других спорах с церковными иерархами и светскими лицами. В 1263 г. Римский папа Урбан IV ввиду затяжного конфликта между капитулом и епископом Пуатье вывел капитул из юрисдикции епископа и поставил его в прямую зависимость от Папского престола. Это постановление было подтверждено папой Климентом IV в 1265 г. В XII–XIII вв. базилика св. Илария уже не служила усыпальницей епископов Пуатье, однако сохраняла значение главной святыни Аквитании. В 1172 г. наследник английского престола Ричард Львиное Сердце принял здесь символы власти над графством Пуатье (знамя и копьё). В 1177 г. папа Александр III утверждал, что базилика «считается знаменитейшей и славнейшей среди всех церквей Аквитании». В архиве капитула содержатся сведения о многочисленных пожертвованиях в пользу базилики, о торжественных празднованиях в честь Илария. Титул светского аббата базилики, принадлежавший с середины XII в. королю Англии, перешёл к французским королям после захвата графства Пуатье Филиппом II Августом (1204 г.).