Запрещались преследования на религиозной почве, отменялись религиозные ограничения при приёме на государственную службу, в том числе на преподавательские должности в университетах и др. В 1782 г. для решения этих вопросов папа Пий VI совершил поездку в Вену, однако изменить церковную политику императора ему не удалось. В 1782 г. Иосиф II распустил монашеские ордены, которые не занимались преподавательской деятельностью и уходом за больными. Имущество орденов было направлено на просветительские и образовательные цели, на поддержку приходских пресвитеров в новых приходах. В 1784 г. епископские семинарии были заменены государственными. Университеты и лицеи получили исключительное право преподавать богословие. Были санкционированы изменения в католическом богослужении с целью упрощения и удешевления обрядов. Церковь была окончательно подчинена государству, а духовенство приравнено к государственным служащим. Некоторые мероприятия Иосифа II в сфере церковного переустройства встретили жестокое сопротивление со стороны католического духовенства и части дворянства. В годы правления австрийского императора Франца I (1804–1835 гг.) начался период религиозного обновления Австрии. После визита императора к папе Пию VII (1819 г.) было принято решение о пересмотре церковного законодательства Иосифа II. При австрийском императоре Фердинанде I в связи с дарованием в 1847 г. австрийского подданства основателю старообрядческой белокриницкой иерархии митрополиту Амвросию (Паппа-Георгополи) возник конфликт с Россией вплоть до угроз разрыва дипломатических отношений. Австрийский император Франц Иосиф I в 1855 г. заключил с Папским престолом конкордат, который усиливал позиции католической церкви в стране. Реформы 1870–1890 гг. окончательно признали свободу веры и совести для любой конфессии, а также для атеистов, однако католическая церковь продолжала занимать господствующее положение во владениях австрийских Габсбургов. В 1903 г. австрийские императоры утратили право вето при избрании Римских пап, которым раньше неоднократно пользовались. Убийство наследника австрийского престола эрцгерцога Франца Фердинанда (15 (28) июня 1914 г.) послужило поводом к началу Первой мировой войны. После поражения в ней Австро-Венгрии последний император из рода Габсбургов Карл I (1916–1918 гг.) был свергнут; вскоре был принят закон о высылке из страны всех Габсбургов и конфискации имущества семьи. Карл I, который предпринял усилия остановить войну, по призыву папы Бенедикта XV, умер в изгнании и бедности на острове Мадейра. 3 октября 2004 г. папой Иоанном Павлом II он был беатифицирован. В начале XXI в. глава дома Габсбургов – сын Карла I Отто фон Габсбурга (родился в 1912 г.), род продолжают его сын Карл фон Габсбург (родился в 1961 г.) и внук Фердинанд фон Габсбург (родился в 1997 г.).