В XVIII в. во владениях Габсбургов все решения, касавшиеся конфессиональных проблем, зависели от воли монарха. Габсбурги поддерживали католическую церковь, ограничивая права некатоликов. В 1714 г. право венгерских протестантов иметь школы было ограничено «артикулярными местами». В 1715 г. Карл VI ввёл в состав Государственного собрания Венгрии депутатов от иезуитов и премонстрантов. В 1731 г. права протестантских церквей ещё больше урезались, был усилен контроль со стороны монарха. От короля зависело разрешение на приглашение протестантского проповедника даже в «артикулярных местах». Запрещался переход из католицизма в протестантизм. Число суперинтендантов лютеранских церквей также определялось королём. Межконфессиональные браки совершались только католическими пресвитерами. Протестанты обязывались соблюдать католические праздники и т.д. Карл VI не имел наследников мужского пола. Согласно Прагматической санкции (1713 г.), которая установила порядок наследования по женской линии и принцип неделимости владений Габсбургов, после смерти императора Карла VI (1740 г.) единственной наследницей австрийской ветви Габсбургов оказалась его дочь Мария Терезия. Её права были оспорены её кузеном, баварским курфюрстом из рода Виттельсбахов. В ходе общеевропейской войны за Австрийское наследство он был коронован как император Карл VII (1742 г.), однако после его смерти в 1745 г. императорской короной овладели Мария Терезия и её муж Франц I, великий герцог Тосканский и герцог Лотарингский. При императрице Марии Терезии в установленном новом порядке управления имуществом университетов, школ, церквей и монастырей значительная доля расходов на просвещение и образование перекладывалась на католическую церковь. Подобное распоряжение коснулось и православной церкви, в каждой епархии которой предписывалось открыть школу (1776 г.). В 1773 г., после запрета деятельности ордена иезуитов Римским папой Климентом XIV, императрица распустила орден в своих владениях, передав его имущество казне; часть его была направлена на образовательные нужды. Мария Терезия продолжила политику усиления государственной церкви: этой цели служил указ «Placetum regium» (1767 г.), который предусматривал обязательность утверждения ею в Австрии распоряжений, исходящих от папы Римского. Позже это распространилось и на другие владения австрийских Габсбургов. Церковь лишалась налоговых привилегий, духовенство облагалось подушной податью. В областях, где во время Реформации прекратили существование католические епископства, они были восстановлены. В 1751 г. Мария Терезия подтвердила законы против протестантов 1731 г., дополнив их запретом католикам посещать некатолические школы. Император Иосиф II, сын Марии Терезии (с 1765 г. – соправитель; в 1780–1790 гг. правил единовластно), приступил к проведению церковной реформы, провозгласив веротерпимость в наследственных владениях (1781 г.), что серьёзно осложнило отношения с Римом.