В «Письме к Бенедетто Кастелли» (1613 г.) Галилей изложил свой взгляд на соотношение Священного Писания и данных науки. Согласно Галилею, Священное Писание и природа, имеющие единого Творца, как два истинных положения не могут противоречить друг другу. Однако в целом он допускал превосходство научных доводов над экзегетическими. Галилео Галилей призывал толковать Священное Писание не буквально, а иносказательно: «…В спорах о естественных явлениях природы использовать его (Священное Писание) следует лишь в последнюю очередь». Кардинал Р. Беллармино передал Галилею пожелание высказываться о теории Н. Коперника только как о «математической модели». В частной переписке Галилей недоумевал: если теория Н. Коперника действительно ложна и противоречит Священному Писанию, то почему она, не имея ещё достаточных физических подтверждений, в своё время была благосклонно принята папой Павлом III, а когда таких подтверждений обнаружилось множество, она осуждается. Главный аргумент Галилео Галилея: система Н. Коперника не является непосредственно вопросом веры, наука имеет свою область применения и решает стоящие перед ней проблемы собственными методами. Одним из ответов Галилею со стороны католического духовенства стала произнесённая в декабре 1614 г. во флорентийской церкви Санта-Мария Новелла проповедь доминиканского священника Томазо Каччини, начатая словами: «...Мужи Галилейские! что вы стоите и смотрите на небо?» (Деян. 1:11). Зная, что сторонники учёного прозваны «галилеистами», Т. Каччини явно рассчитывал на уязвление достоинства и самолюбия как самого Галилея, так и его последователей. Проповедник утверждал, что математика есть дьявольская наука, а сами математики, как распространители ереси, должны быть изгнаны из всех государств. Возбуждённая инквизицией проверка книги Галилея «О солнечных пятнах» вынудила его в конце 1615 г. поехать в Рим для защиты своей позиции. Однако его оправдательные речи были рассмотрены как «упорство в заблуждениях». Одновременно в начале 1616 г. (спустя более чем полвека после выхода в свет) инквизицией была подвергнута экспертизе защищаемая Галилеем книга Н. Коперника «Об обращениях небесных сфер». Утверждаемые в книге положения о том, что Солнце является центром мироздания и неподвижно, и что Земля движется, не являясь центром мира, были признаны ошибочными и противоречащими Священному Писанию. Постановление инквизиции предупреждало Галилея «о необходимости отказаться от подобных убеждений, а в случае неповиновения» приказывало «воздержаться от преподавания и распространения этого учения»; неповиновение Галилея каралось заключением в тюрьму. Через несколько дней на собрании кардиналов было доложено о раскаянии Галилея и оглашён перечень сочинений, вносимых в «Индекс запрещённых книг», среди которых была книга Н. Коперника.