В трактате заметны влияние итальянского гуманизма, интерес к античной философии, литературе, теории искусства. Новым в мензуральной теории Франкина Гафурия является её сравнение с теорией стоп и античной метрики. Он рассматривает музыкальный ритм как род стихового ритма, указывая на важную роль процесса дыхания как в пении, так и в декламации. Пытаясь объяснить возникновение понятия мензуры, проводит аналогию с поэзией (где долгота и краткость слогов являются средством измерения времени при декламации текста), а также с периодичностью счётных долей и физиологическими явлениями (биением сердца и ударами пульса). Музыкальные паузы в этом отношении необходимы не только «ради приятности мелодии, но и для отдыха музыкантов». Трактат получил большую известность в разных странах Европы, его текст и нотные примеры цитировали Глареан (Генрих Лорити), Пьетро Арон, Джозеффо Царлино, Николаус Листений и др. Церковная музыка Франкина Гафурия предназначалась преимущественно для капеллы миланского собора, где она, как полагают исследователи, исполнялась при его жизни. Ему принадлежат 18 месс, 11 Magnificat, около 50 мотетов и гимнов и другие духовные сочинения, а также несколько светских песен, написанных в 1470 гг. В миланском соборе он реформировал хоровую капеллу, способствовал расширению её полифонического репертуара, составил четыре хоровые книги, в которых бо́льшая часть сочинений принадлежит самому Франкину Гафурию, другие – его современникам. Одиннадцать месс Франкина Гафурия следуют чину римского ординария, шесть – амвросианскому. Две мессы, («Omnipotens genitor» и «Montana») имеют тропы (в частях Kyrie, Sanctus и Agnus), четыре написаны в жанре missa brevis (краткая месса), источником мессы «De tous biens pleine» («Исполненная всех благ») является одноимённый шансон Хайне ван Гизегема. Распев текста во всех мессах, в основном, силлабический; имитации встречаются редко. В некоторых мессах в соответствии со сложившейся при дворе герцога традицией определённые части, прежде всего, интроиты, заменены мотетами (так называемые motetti missales), например, в Мессе св. Екатерины четвёртого тона. Ввиду простоты музыкального языка и формы мессы Франкина Гафурия идеально подходят для службы. Из Magnificat (три написаны на три голоса, остальные четырёхголосные) только одно песнопение следует амвросианскому чину в отношении текста, остальные выдержаны в римской традиции. Мотеты Франкина Гафурия, по мнению учёных, представляют наиболее ценную часть его музыкальных сочинений. Имитационное письмо применяется в них весьма скупо, хотя по фактуре они более разнообразны, чем мессы.