В 2004 г. монастырь отметил 1000-летие со дня основания серией выставок и праздничных мероприятий. В певческих рукописях, хранящихся в Гроттаферрате, содержится древний репертуар, сложившийся до стилистических изменений, обычно связываемых с именем Иоанна Кукузеля (рубеж XIII и XIV вв.). Согласно описанию Л. Тардо, в библиотеке монастыря хранится около 50 певческих рукописей, фрагментов и палимпсестов, в числе которых встречаются все типы византийских нотированных богослужебных книг: Евангелиарии, Апостолы и Профетологии с экфонетической нотацией, Минеи, Октоихи, Ирмологии, Кондакари, Стихирари, Триоди, Пентикостарии, Анфологии с ранневизантийскими и средневизантийскими нотациями. В Гроттаферрате хранится значительное число рукописей итало-греческого происхождения, среди которых три приписывается основателю монастыря – преподобному Нилу Младшему. Пять из двенадцати Миней, созданных в начале XII в. игуменом Нилом II, содержат ранневизантийскую нотацию (только для некоторых песнопений). Сохранились следующие рукописи со средневизантийской нотацией, созданные в Гроттаферрате: Ирмологий (1281 г., письма чтеца Феофилакта), Стихирарь конца XIII в., Триодь XIII–XIV вв. Многие из этих рукописей происходят из Италии, например, выполненная иеромонахом Софронием в монастыре Спасителя в Мессине (XIV в.), а также письма иеромонаха Нифона, в которой объединены два сборника: Асматикон (для хора) и Псалтикон (для солиста). Эти списки относятся к группе источников, содержащих мелодии, которые записаны средневизантийской нотацией, и имеют ряд стилистических особенностей, подтверждающих гипотезу Оливера Странка о существовании особой итало-греческой певческой традиции. Несколько певческих рукописей, выполненных в Гроттаферрате либо хранившихся раньше в её библиотеке, ныне находятся в других итальянских или в зарубежных собраниях, например, Кондакарь 1288–1289 гг. (письма иеромонаха Симеона) и Октоих 1318 г. (письма монаха Нифона) со средневизантийской нотацией. В то же время в Гроттаферрате хранятся манускрипты из более не существующих итало-греческих монастырей, таких как Санта-Мария Одигитрия в Россано (область Калабрия) и пророка Илии и Анастасия Персиянина в Карбоне (область Базиликата). Из обители Анастасия Персиянина происходит несколько древних рукописей, в том числе пять томов Минеи середины XI в. с ранневизантийской нотацией, содержащих более сорока стихир, не вошедших в стандартную версию Стихираря и, как правило, записанных с помощью более архаической версии куаленской нотации, чем остальные гимны в той же рукописи. В Гроттаферрате хранится также Евхологий начала XII в. с нотированными кондаком Великой пятницы и вечерней Пятидесятницы, изложенной согласно чину собора Святой Софии в Константинополе. Две рукописи из Гроттаферраты, содержащие материал для изучения византийского церковного пения, были опубликованы в серии «Principale» издательством «Monumenta musicae Byzantinae» (1950–1951, 1956 гг.). Десятки гимнов из рукописей, хранящихся в монастыре, ещё не изданы. В настоящее время проводится систематическая каталогизация рукописей библиотеки Гроттаферраты.