В 1834–1870 гг. монастырь управлялся приорами, которые находились в подчинении у Римского престола. Официально орден василиан был распущен в 1866 г., в 1880 гг. по инициативе Римского престола была проведена реформа богослужения в Гроттаферрате, монастырь вернулся к традиции греко-византийского обряда. При аббате Арсенио Пеллегрини (1882–1919 гг.) Гроттаферрата стала центром восточнохристианских исследований и униональной деятельности Римско-католической церкви. В 1929 г. греческий приход был отделён от латинского. Папа Пий IX (1846–1878 гг.) буллой «Pervetustum Cryptaeferratae Coenobium» (от 26 сентября 1947 г.) придал Гроттаферрате статус территориального аббатства (abbatia nullius), отделив его территорию от епископства Фраскати, с этого времени настоятель Гроттаферраты стал носить титул архимандрита василианской монашеской конгрегации Италии. Внутренний интерьер монастырского собора XII в. был реконструирован в 1577 г., при кардинале Алессандро Фарнезе, и в 1754 г., при кардинале Джаннантино Гуаданьи. В 1610 г. кардинал Одоардо Фарнезе заказал роспись капеллы святых Нила и Варфоломея Доменикино Цанпьери (Доменико). В это же время над росписью алтаря капеллы работал Аннибале Карраччи. В 1665 г. кардинал Франческо Барберини поручил Джованни Бернини перестроить главный алтарь собора. Наибольшей перестройке аббатство подверглось в XVIII в., при кардинале Джованни Антонио Гуаданьи, почти утратив первоначальный романо-византийский стиль (частично восстановленный в XX в.). В 1874 г. монастырь был объявлен национальным достоянием Италии, подвизавшимся там монахам было поручено содержать обитель в порядке. В 1873 г. библиотека и все здания монастыря были национализированы итальянским государством. Многие древние рукописи были переданы в крупнейшие библиотеки Рима, но библиотека Гроттаферраты пополнялась за счёт покупки других рукописей, например, рукописи византийского эпоса «Дигенис Акрит». В настоящее время её фонды насчитывают около 500 греческих и столько же латинских рукописей. Здесь хранятся коллекция палимпсестов, несколько сот инкунабул и печатных изданий конца XV – XVI в., 50 тыс. книг более позднего выпуска. У монахов собственная библиотека насчитывает около 20 тыс. книг. С 1931 г. по инициативе Н. Борджа (до 1909 г. – библиотекарь монастыря) Главной дирекцией библиотек и Академией Министерства национального образования Италии в Гроттаферрате была создана лаборатория по восстановлению древних книг и рукописей (вторая в Италии после лаборатории Ватиканской библиотеки), разместившаяся в помещении средневековых монашеских келий. Лаборатория занимается не только реставрацией, но и изучением рукописей. С момента её основания было отреставрировано большое число рукописей не только из Гроттаферраты, но и из библиотек городов Палермо, Анкона, Сполето, Фабриано, Витербо, Мессина, Сиена, Л'Акуила, Ланчано, Козенца и др. В 1910–1921 гг. в Гроттаферрате выходил журнал «Roma e l'Oriente» («Рим и Восток»). С 1947 г. издаётся периодический журнал «Bollitino della Badia Greca di Grottaferrata» («Бюллетень греческого монастыря Гроттаферрата»).