Братчики неоднократно жаловались Константинопольским патриархам на действия Львовского архиерея. В частности, в 1586 г. братство направило патриарху Феолипту II (1585–1586 гг.) послание с обличением пастырей, которые выступают против «учения и учащих» и не только не наставляют на путь истины недостойных священников, но и покрывают их беззакония, имея в виду Гедеона Балабана. В конфликте с архиереем братство обратилось за помощью к Киевскому митрополиту Михаилу (Рогозе), который в 1590 г. вмешался в жизнь Львовской епархии, благословлял отдельные инициативы мирян, рукополагал братских священников, добивался благоприятных для братства решений на Соборах Киевской митрополии. Борьба Гедеона Балабана с братством и с покровительствовавшим ему митрополитом Михаилом временами принимала такую острую форму, что в 1593 г. он соборно был запрещён в служении, в 1594 г. извергнут из сана (впрочем, исполнение этого решения было отсрочено и фактически оно не было исполнено). Гедеон Балабан не без оснований обвинял участников братского движения в том, что они нарушают его канонические права и вторгаются в сферу епископской компетенции (к которой относил помимо административной власти над епархиальным духовенством богословские, богослужебные и другие вопросы), архиерей препятствовал усилиям епархиальных братств получить ставропигию (т.е. подчинение непосредственно Киевскому митрополиту или Константинопольскому патриарху). Преследованиям со стороны архиерея подвергались светские и духовные лица, так или иначе связанные с Львовским братством. Вместе с тем исследователи не могут считать Гедеона Балабана противником церковных союзов мирян вообще. Отдельные традиционно действовавшие братства Львовской епархии получали поддержку от архиерея, особенно в сфере просветительской деятельности. Гедеон Балабан хорошо понимал значение просвещения и книгопечатания в условиях, когда православные были вынуждены вступать в полемику с католиками, униатами и протестантами. Он помог Львовскому Успенскому братству в 1586 г. выкупить типографию Ивана Фёдорова, заложенную у ростовщиков, продолжал её поддерживать даже в годы острого конфликта с братством. В 1587 г. архиерей созвал епархиальный Собор, который принял решение о поддержке типографии и школы Львовского братства, о чём известил епархиальное духовенство. Не добившись от братства добровольного сотрудничества, Гедеон Балабан пытался установить контроль над типографией, дважды обращался в светский суд, затем к Константинопольскому патриарху Иеремии II (1572–1579, 1580–1584, 1587–1595 гг.). Патриарх не поддержал архиерея, и он с родственниками напал на типографию, главного печатника заковал в цепи и выслал из Львова. Преследованиям и нападениям подверглась также львовская братская школа. В 1602 г. Гедеон Балабан организовал типографию в Стрятине, в имении племянника Фёдора Юрьевича Балабана, где печатник Семён Будзина издал книги «Хиротония: Поучение новоставленному иереови» (около 1602 г.) и Служебник (1604 г.).