Рост ордена привёл при папе Гонории III (1216–1227 гг.) к его распаду на две группы: госпиталь Санта-Мария ин Сассия стал центром для Италии, Англии, Венгрии и части Германии, а госпиталь Святого Духа в Монпелье – для Франции и других стран. Отделения ордена существовали в Италии, Франции, Испании, Дании (в XV в. их насчитывалось около 400). В XVI в. они появились в Португалии, в Индии (1558 г.) и в Гвинее (1562 г.), но их число заметно уменьшилось в Германии и во Франции, что объясняется, прежде всего, распространением Реформации. В это же время некоторые госпитали, не будучи юридически подчинены ордену, стали филиалами римского госпиталя Санта-Мария ин Сассия – св. Николая в Санто-Доминго (Доминиканская Республика), Девы Марии в Кали (Колумбия), а в 1591 г. – архангелов Михаила и Гавриила на Св. Горе Афон и великомученицы Екатерины Александрийской на Синае. Однако в современной историографии поставлено под сомнение существование широкой сети отделений ордена. Это объясняется, прежде всего, тем, что многие учреждения (в том числе и госпитали) находились под покровительством госпитальеров Святого Духа и зачастую не имели никакого отношения к ордену. В 1605 г. ордену было поручено руководство банком (бреве папы Павла V (1605–1621 гг.) от 13 декабря 1605 г.), чья деятельность, как и деятельность ордена, должна была быть направлена на опеку тех, кто нуждаются в помощи (бедные, больные и проч.), однако капиталы банка Святого Духа часто использовались папами для решения экономических и политических задач, которые стояли перед Папским государством (с 1870 г. банк стал светским). В 1625 г. французское отделение ордена провозгласило себя независимым от Рима, было упразднено во время Французской революции 1789-1799 гг. В Венгрии и Португалии орден просуществовал до 1834 г., когда религиозные конгрегации были секуляризированы. В Италии, после того как в 1656 г. папа Александр VII (1655–1667 гг.) расформировал общину регулярных каноников при римском госпитале Санта-Мария ин Сассия, поскольку к тому времени руководство госпиталя никак не было связано с госпитальерами Святого Духа, а избиралось среди знатных горожан, орден стал приходить в упадок. Папа Лев XII (1823–1829 гг.) предпринял попытку реформирования ордена, в 1829 г. он одобрил новый орденский устав и назначил нового главу ордена. Однако к 1841 г. в Риме к ордену принадлежало лишь несколько каноников, не занимавшихся госпитальной работой. Буллой папы Пия IX (1846–1878 гг.) «Inter plurima» от 1 июля 1847 г. орден был упразднён. Госпитальеры Богоматери милосердия (франц. Hospitaliers de la charité Notre-Dame) – орден, основанный в конце XIII в. Графом Ги де Жуанвилем вместе с госпиталем в Бушромоне (епископство Шалон). Позднее им же был организован другой госпиталь – в Париже, переданный под управление ордена госпитальеров Богоматери милосердия.