После возвращения, продолжая служить в архиве, читал лекции по Священному Писанию Нового Завета в открывшемся Петроградском Богословском институте. 27 ноября 1920 г. оформил брак с А.В. Лебедевой (урождённой Нечаевой), вдовой его учителя Лебедева. Решение покинуть Россию, принятое в начале 1919 г., было продиктовано принципиальным нежеланием жить в «богопротивном» государстве. Н.Н. Глубоковский писал, что, если бы «достались мне все блага мира, и утвердился теперешний безбожный насильнически-социалистический строй, – для меня невозможно будет жить при нём, и я обязательно уйду умирать в другое место. Такова для меня моральная необходимость». Решение уехать окрепло под влиянием известия о гибели старшего брата Александра, действительного статского советника, выпускника Казанской Духовной академии, который был взят в заложники большевиками и расстрелян в июне 1919 г. в г. Уральске (обстоятельства его смерти стали сильнейшим потрясением для Глубоковского). Кроме того, ещё в декабре 1918 г. друзья предупреждали его о возможности ареста и тюремного заключения. Стремясь получить статус заграничного члена Академии наук в Европе, Глубоковский хлопотал о командировке по линии Академии наук, одновременно обращался к зарубежным друзьям, в том числе к архиепископу Натану Сёдерблому, с просьбой содействовать его отъезду из России. В июле 1921 г. благодаря вмешательству Максима Горького Н.Н. Глубоковский получил визу и 29/16 августа 1921 г. вместе с супругой покинул Россию, выехав в Финляндию. После 2-недельного карантина в пос. Териоки (ныне г. Зеленогорск Ленинградской обл.) с 13 сентября жил в Выборге, откуда в мае 1922 г. направился в Германию, 14 июня прибыл в Прагу, поскольку ещё 21 октября 1921 г. был избран членом Коллегии по обеспечению образования русских студентов в Чехословакии. С 3 августа жил в Белграде, где до мая 1923 г. преподавал на Белградском Богословском факультете. Тяжёлые условия жизни в Сербии вынудили искать нового убежища. Глубоковский намеревался переехать в Польшу, куда его приглашал митрополит Георгий (Ярошевский), однако гибель митрополита 8 февраля 1923 г. расстроила эти планы. Глубоковский принял предложение занять должность профессора только что созданного богословского факультета в Софийском университете и 11 июля 1923 г. прибыл в столицу Болгарского царства, принимал участие в церковно-общественных событиях и в работе учреждений русской эмиграции в качестве эксперта, докладчика, вдохновителя, учителя, выступал на академических и студенческих конференциях. С первых месяцев пребывания за границей в русской и иностранной печати появлялись его статьи о положении православной церкви в России. Великое страдание русского народа Глубоковский считал бедствием общехристианским, подчёркивал, что эта опасность «не частная и временная, а универсальная и принципиальная», поэтому необходимо объединить всех христиан в общем историческом подвиге, чтобы защитить мир «от антихристианского нашествия» и обеспечить «благодатно-живоносное христианское влияние», поскольку отсутствие христианской солидарности усугубляет мировую катастрофу (война и социалистический погром в России).