Принимал участие в деятельности Православного Богословского института преподобного Сергия Радонежского в Париже, где неоднократно читал лекции (летом 1925 г., осенью-зимой 1928–1929 гг.), в 1935 г. был избран почётным членом института, 40-летию его учёной и церковно-общественной деятельности посвящён специальный юбилейный номер журнала «Православная мысль». По приглашению своего бывшего ученика, Сербского патриарха Варнавы (Росича) регулярно посещал Сремски-Карловци. В 1934 г. вошёл в состав Учёного комитета, учреждённого при Архиерейском Синоде РПЦЗ и возглавленного митрополитом Антонием (Храповицким), с которым Глубоковский поддерживал личную переписку. Скончался он в Софии, похороны состоялись в день Торжества Православия, 21 марта, отпевание совершал митрополит Софийский Стефан (Георгиев) в сослужении пяти епископов, двух архимандритов и сорока священников. В надгробном слове митрополит Стефан отметил, что Глубоковский был опытным и всесторонне образованным руководителем «всех богословов и христианских учёных», которому нет замены. Стефан говорил: «Чтобы понять широту и глубину этого великого человека, который одновременно был аристократом и крестьянином, профессором и другом, учёным и простым, богатым и бедным, необходимо учесть самое сокровенное состояние его души и сердца: любовь и преданность святой Православной Церкви, великой своей многострадальной родине и внимание к нравственной немощи страдающего человечества». 20 апреля 1937 г. в Свято-Сергиевском Богословском институте состоялось открытое собрание, на котором с докладами и воспоминаниями выступили историк Антон Владимирович Карташёв (1875–1960 гг.), протоиерей Георгий Васильевич Флоровский (1893–1979 гг.), протоиерей Николай Сахаров, протоиереи Иаков Ктитарев, И.В. Никаноров и Ф.И. Бокач. Некрологи Глубоковскому появились во многих эмигрантских и зарубежных изданиях. Главной сферой своей деятельности он полагал труды «педагогически-профессорского и научно-литературного служения». И то и другое почиталось им, по собственному признанию, «как бы священнослужением». Полная библиография работ Н.Н. Глубоковского насчитывает около тысячи наименований, включая монографии, журнальные и газетные статьи, библиографические заметки, рецензии и отзывы. Христианин и учёный неразрывно соединены в личности Глубоковского, утверждавшего, что «все в мире христоцентрично», и исповедовавшего в качестве основного методологического принципа неразрывность веры и знания. Он доказывал не только «равноправность» христианской науки, но и «её единственность... в качестве необходимой, жизненной стихии всякой учёности, чего бы она фактически не касалась». Оценивая эмпирические факты применительно к «христианскому положению», Глубоковский представил богословско-исторический анализ причин происшедшей в России трагедии и той «значительной духовно-христианской прострации», в которую всё больше погружается мир. Признавая религиозный фактор важнейшим в земной жизни, он учил, что спасение может быть только духовное: «Мы достаточно потратили всяких материальных ресурсов, чтобы видеть всю пагубность «материалистических» расчётов. Надо водитися всецело единым духом и каждому в своей сфере поддерживать его горение. Для духовно-академических деятелей это – наши великие и святые академические идеалы».