Эти находки заставили Дж. Тейлор предположить, что открытый в 1909 г. храм можно отождествить с церковью на месте пещеры Тайной вечери, поскольку отдельные элементы (в том числе остатки трёх параллельных блоков камня в северной апсиде) легко сопоставить с описанными в итинерариях VI в. каменными цистернами, столами, ложами Христа и учеников. Обычай совместной трапезы в память Тайной вечери сложился у паломников в византийский период. Её вкушали в тех местах, где, согласно Евангелию, Христос беседовал с учениками (в Вифании, в Гефсимании, на горе Сион). Раннехристианская базилика была разрушена в начале VII в., в эпоху персидского нашествия, и только во времена крестоносцев на её месте появилась новая, бо́льшая по размеру церковь (около 30×17,7 м), пропорции которой, однако, были не столь вытянуты. В ней всего три пары столбов с квадрифолийным «готическим» сечением. Она ориентирована точно на восток и потому лишь отчасти перекрывает древнюю церковь. Новой ориентации отвечает и другой скальный выступ, лежащий перед престолом по оси крайнего восточного компартимента, что заставило строителей шире раздвинуть границы вимы. Скалой образованы также два прямоугольных престола в обеих боковых апсидах и небольшая ступень (подобие синтрона) в южной апсиде (наличие трёх престолов сопоставляют с тройственной молитвой Христа). Новый храм францисканцев построен в 1919–1924 гг. архитектором Антонио Барлуции (1884–1960 гг.) на фундаменте базилики IV в. таким образом, чтобы сохранить открытым большой скальный фрагмент (Камень Моления о Чаше) и фрагменты византийского мозаичного пола. Храм Гефсиманской молитвы называется также церковью Моления о Чаше, Агонии (т.е. Гефсиманского борения) или «Церковью всех наций», т.к. 16 католических стран принимали финансовое участие в его строительстве и украшении. Церковь Успения Пресвятой Богородицы с Её гробницей – одна из главных православных святынь, она сохранилась лучше по сравнению с базиликой на месте Гефсиманской молитвы. Существуют две традиции, связывающие Успение Пресвятой Богородицы с Эфесом и с Иерусалимом. Почитание гробницы Пресвятой Богородицы в Гефсимании впервые фиксирует апокриф «Transitus Mariae» (около 400 г.). Гробница Пресвятой Богородицы в Гефсимании неизвестна ранним авторам (Евсевию, Иерониму, Кириллу Иерусалимскому) и пилигримам до VI в. Впервые храм Пресвятой Богородицы в долине Иосафата упоминается Феодосием (около 530 г.), затем Анонимом из Пьяченцы (около 570 г.) и Аркульфом (около 670 г.), описавшим его как 2-этажную ротонду, в нижней части которой имеется пустая гробница, вырубленная в скале, и алтарь, а в верхней части – четыре алтаря. А. Овадия считал, что церковь была октагональной, но эта гипотеза не принята большинством археологов. Церковь могла пережить персидское нашествие или быть вновь отстроена вскоре после него (т.к. её упоминает Аркульф), но к началу XII в. верхний храм находился в руинах (вероятно, разрушен при аль-Хакиме в 1009 г.), а гробница оставалась сохранной.