Патриарх отвечал: «Если ты и все сущие с тобою изменники и королевские люди изыдете из Москвы вон, то я отпишу к ним, чтобы возвратились назад». В марте ополчение подошло к Москве. На Страстной неделе в столице началось восстание против поляков, переросшее в страшную резню, которая продолжалась два дня. По совету русских изменников поляки подожгли город, а сами укрылись в Кремле и Китай-городе. Патриарха низложили (в сан патриарха вновь был возведён грек Игнатий) и заточили в темницу Чудова монастыря, где патриарх испытывал ужасные лишения. Ему запретили разговаривать, покидать тесную келью. Доступ к нему имели лишь изменники, по-прежнему пытавшиеся уговорить патриарха выступить против ополчения Ляпунова. Старца попросту морили голодом, попирали его человеческое достоинство. По свидетельству источника, «метали страдальцу Христову не человеческую пищу: на неделю сноп овса и мало воды в кувшине. И так претерпел около года времени…» И тем не менее, дело, которому служил патриарх Гермоген, не погибло, но, напротив, продолжало шириться и крепнуть. Призывы патриарха подхватили архимандрит Троицкого монастыря Дионисий и троицкий келарь Авраамий Палицын, обратившись со своими грамотами к народу и призывами к сопротивлению. Сам Гермоген из своего заточения нашёл возможность ещё раз обратиться к народу. 30 августа 1611 г., уже после гибели под стенами Москвы Прокопия Ляпунова и распада первого ополчения, святитель пишет своё последнее воззвание нижегородцам. До него дошли слухи, что стоявшие под Москвой казаки хотят присягать сыну Лжедмитрия II и Марины Мнишек, так называемому «Ворёнку». Но из двух зол (интервенты и «воры») нельзя выбирать и второе. Патриарх заклинает нижегородцев и казанского митрополита Ефрема не допустить подобного развития событий, призвать казаков прекратить грабежи и разбои. Нижегородское ополчение, возглавляемое нижегородским торговцем, «выборным человеком» Кузьмой Мининым Сухоруким (ум. в 1616 г.) и князем Дмитрием Михайловичем Пожарским (1578–1642 гг.), завершило дело освобождения Москвы и всей России. Но патриарху уже не суждено было увидеть плоды своих трудов и забот. Когда поляки и московские изменники узнали о движении нижегородского ополчения к Москве, они вновь стали требовать от патриарха, чтобы тот выступил с осуждением ополченцев. Мужественный старец ответил решительным отказом: «Да будут те благословенны, которые идут на очищение Московского государства; а вы, окаянные изменники московские, да будете прокляты!» Патриарх Гермоген скончался 17 февраля 1612 г. Причины его смерти по-разному называются в источниках: одни говорили, что святитель умер голодной смертью, другие – что он «от зноя задохнулся» (т.е. был отравлен печным дымом) или был удавлен. Спустя несколько месяцев после его смерти, в конце октября 1612 г., Москва была освобождена от поляков, а через год было осуществлено и другое желание патриарха: 21 февраля 1613 г. на Российский престол был избран юный Михаил Фёдорович Романов (1613–1645 гг.), на которого патриарх указал ещё в 1610 г.