В отношении захвативших Северную Италию лангобардов политика Гунтрамна ограничивалась тем, что он отбивал их набеги на бургундские владения, предпочитая каждый раз заключать мир. О прямых контактах Гунтрамна с Византией исследователям ничего не известно, кроме краткого упоминания у Псевдо-Фредегара о посольстве графа (комита) Сиагрия в Константинополь в 588 г., где тот получил чин патрикия, не признанный Гунтрамном. Король франков с опасением и недоверием смотрел в сторону Византии, о чём свидетельствует дело епископа Массилии (современный Марсель) Феодора, связанное с узурпацией Гундовальда. Согласно Григорию Турскому, Гундовальд был сыном короля Хлотаря I, который отказался от отцовства и устранил того из числа наследников. Гундовальд бежал в византийскую Италию, а спустя некоторое время перебрался в Константинополь. Когда в 582 г. был убит король Хильперик, и у власти в королевстве франков оказались два ребёнка, Хлотарь II и Хильдеберт II, и Гунтрамн, которому к тому моменту было около 50 лет, Гундовальд сделал попытку захватить власть в Галлии. Он высадился в Массилии, где был принят епископом Феодором. Гундовальду удалось захватить только Аквитанию, в 583 г. он был изгнан, а епископ обвинён в том, что он вместе с Гундовальдом хотел передать Галлию под власть Византии. На втором Соборе в Матисконе (современный Макон, 585 г.) епископа оправдали. Между 567 и 573 гг. на Соборе в Паризиях (современный Париж), который созвал Гунтрамн, под председательством епископа Германа был принят ряд постановлений против захвата церковных владений. Между 567 и 570 гг. Собор в Лугдуне (современный Лион) принял шесть канонов о недостойном поведении некоторых епископов. Исследователи полагают, что тем же Собором были низложены братья Салоний и Сагиттарий, епископы Эбредуна (современный Амбрён) и Вапинка (совреенный Гап). Гунтрамн добился от папы Римского Иоанна III (560–573 гг.) их восстановления, но Собор в Кабиллоне (579 г.) подтвердил осуждение. Между 581 и 583 гг. по инициативе короля был созван первый Собор в Матисконе, принявший двадцать канонических определений о дисциплине клира, устроении женских монастырей, и установил независимость клириков от светских судей. Второй Собор в Матисконе (585 г.) расширил канонические определения предыдущего, акты Собора были утверждены особым указом Гунтрамна не только как церковные постановления, но и как государственные законы. Гунтрамн основал в пригороде Кабиллона монастырь апостолов Петра и Павла, позже названный в честь мученика Маркелла, а также монастырь святого Климента в Матисконе.